PDB-4gi2: Crotonyl-CoA Carboxylase/Reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gi2

タイトル

Crotonyl-CoA Carboxylase/Reductase

要素

Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / reductive Carboxylation / NADPH / Dehydrogenase/Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylobacterium extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Weidenweber, S. / Erb, T.J. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crotonyl-CoA Carboxylase/Reductase
著者: Weidenweber, S. / Erb, T.J. / Ermler, U.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gi2.cif.gz	350.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gi2.ent.gz	289.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gi2_validation.pdf.gz	997.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gi2_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4gi2_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	4gi2_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hzzS 3krtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wo3-d 6oc3-1 1vgv-2 3aie-8 7cdi-d 6hhc-d 6iuv-1 2pr1-2 6uyd-1 3rhx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

B: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

ヘテロ分子

99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

ヘテロ分子

A: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

ヘテロ分子

B: Crotonyl-CoA carboxylase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.400, 91.400, 206.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 9:433 ) AND (NOT ELEMENT H)
2	1	CHAIN B AND (RESSEQ 9:433 ) AND (NOT ELEMENT H)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 9:433 ) AND (NOT ELEMENT H)	A	0
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 9:433 ) AND (NOT ELEMENT H)	B	0

#1: タンパク質	Crotonyl-CoA carboxylase/reductase / CCR 分子量: 48870.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア) 株: AM1 / 遺伝子: ccr / プラスミド: pET23-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C5AP81
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4M Sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 76 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.001 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月8日
放射	モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 20867 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / B_iso Wilson estimate: 81.05 Å²
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KRT, 3HZZ

3krt

3hzz

解像度: 3→43.182 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7977 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2408	1039	5.04 %	Random
R_work	0.182	-	-	-
all	0.185	-	-	-
obs	0.185	20597	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.861 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 267.9 Å² / B_iso mean: 88.4874 Å² / B_iso min: 36.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.6206 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.6206 Å²	0 Å²
3-	-	-	-15.2412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→43.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6632	0	97	0	6729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6923
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.252	9426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.599	2479

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	2	B	3305	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0002-3.1584	0.3821	137	0.296	2765	2902	100
3.1584-3.3562	0.349	141	0.2508	2739	2880	100
3.3562-3.6152	0.2808	158	0.2127	2763	2921	100
3.6152-3.9788	0.2689	158	0.1774	2761	2919	100
3.9788-4.554	0.1919	142	0.1409	2764	2906	100
4.554-5.7354	0.2258	161	0.1701	2803	2964	99
5.7354-43.1867	0.205	142	0.1711	2963	3105	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.231	0.396	0.3244	2.331	-0.734	3.5224	-0.3091	0.0759	0.1923	-0.0603	-0.2035	0.0505	0.0125	-0.971	0.3869	0.4533	-0.0058	-0.1865	1.0119	-0.1422	0.5366	-2.681	50.6923	-33.6383
2	3.1179	1.1577	2.4137	1.2164	0.1089	5.1788	-0.3163	0.3484	-0.0957	-0.1814	0.1393	-0.2	-0.206	-0.3297	0.1547	0.4093	0.1522	0.002	0.6859	-0.113	0.5055	6.9502	50.0295	-22.0255
3	0.3799	-0.5209	0.1994	0.788	-0.094	0.6124	0.5792	0.752	-0.2331	-0.3363	-0.3835	-0.554	0.9816	1.0811	-0.4649	0.6655	0.3796	0.1503	0.7751	-0.1683	0.5926	26.5012	34.9884	-18.3284
4	0.9999	-0.691	-0.2727	1.032	0.8681	2.1565	0.5624	0.6333	-0.4495	0.2728	-0.6745	0.3735	0.8985	0.3368	0.0193	1.4196	0.2784	-0.3715	1.0407	-0.3589	0.8473	23.8261	18.8547	-11.8994
5	1.5517	-0.4938	0.9559	0.214	-0.4371	0.8377	0.3494	0.3841	-0.9514	0.073	-0.0515	0.0332	1.0916	0.5926	0.5818	0.7358	0.6653	-0.0335	0.1496	-0.2574	0.3842	25.2408	23.945	-7.1304
6	1.1037	0.163	1.1701	0.3171	0.4702	3.9208	-0.0025	0.4992	-0.0855	-0.2898	-0.1367	0.0925	0.4218	0.7867	0.1464	0.2285	0.0968	0.0195	0.9107	-0.0183	0.6063	22.0367	39.7893	-15.4081
7	3.9477	1.0375	0.2409	6.2524	0.1795	4.2217	-0.1047	1.0279	-0.4776	-0.1877	-0.0265	-0.4555	0.7851	0.0218	0.1394	0.3706	0.1819	0.0397	0.7514	-0.2616	0.4403	7.672	40.2753	-37.3694
8	3.2159	-2.6991	3.2733	5.5916	-2.425	6.2879	0.0773	0.0032	-0.2439	-0.7587	-0.0592	0.8308	-0.2168	-0.8695	0.1525	0.6577	0.4027	0.0213	0.6031	-0.1539	0.786	-13.4446	78.8643	3.8071
9	0.1736	-0.6654	0.1689	2.7312	-0.8004	0.9302	0.4543	0.3536	0.2185	-0.4872	-0.2466	-0.2729	-0.8728	-0.3355	-0.0459	1.0119	0.366	0.138	0.4464	0.0335	0.6845	6.5137	83.7074	-3.1228
10	2.4643	-1.1575	-0.4221	2.0319	0.9041	1.2806	0.1326	0.1801	0.0424	-0.1322	-0.1537	0.639	-0.2163	-0.2967	-0.0391	0.2197	0.3996	-0.1361	0.4214	-0.1702	0.5027	8.1924	70.2951	-5.2118
11	3.2713	-1.6436	-0.4507	2.6059	0.7717	1.7119	-0.3106	-0.565	0.1666	0.2828	0.3681	-0.2894	-0.5536	0.1126	-0.086	0.453	0.0699	-0.047	0.312	-0.0445	0.3753	18.8965	67.5358	12.483
12	2.1493	-0.4012	-0.6124	1.569	-0.181	2.99	-0.2519	-0.7887	0.2733	0.0503	0.6073	0.2191	-0.4772	0.2569	-0.2447	0.7154	0.2009	-0.0671	0.4881	-0.2691	0.7255	40.1396	75.8969	16.1668
13	2.987	-0.3445	1.5796	1.4462	0.3573	3.183	-0.8253	-0.6099	0.5471	0.4671	0.6172	-0.9045	-0.6219	0.6486	0.2762	0.3903	0.0845	-0.1471	0.7307	-0.2734	0.7609	40.3568	70.0458	12.1338
14	2.4044	-0.0132	-0.1552	1.0249	-0.4771	1.766	-0.0077	-0.1051	0.5458	0.2845	0.1224	0.2542	-0.3969	-0.0754	0.3538	0.1565	0.306	-0.0413	-0.0961	0.0829	0.3772	23.0958	65.6947	8.4765
15	2.9682	0.437	0.6032	2.5358	0.5813	2.1171	0.2334	-0.1656	-0.047	0.4581	-0.0057	-0.1862	-0.4501	-0.5578	-0.1274	0.8171	0.2411	0.0039	0.3359	-0.0183	0.4399	4.1809	83.5111	11.9662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 8:65)	A	8 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 66:189)	A	66 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 190:253)	A	190 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 254:276)	A	254 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 277:342)	A	277 - 342
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 343:385)	A	343 - 385
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 386:434)	A	386 - 434
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 9:27)	B	9 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 28:93)	B	28 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 94:165)	B	94 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 166:253)	B	166 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 254:276)	B	254 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 277:342)	B	277 - 342
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 343:385)	B	343 - 385
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 386:434)	B	386 - 434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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