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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ggt | ||||||
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タイトル | Structure of apo Bradavidin2 (Form B) | ||||||
![]() | Bradavidin 2 | ||||||
![]() | BIOTIN BINDING PROTEIN / bradavidin / avidin / oligomeric state / streptavidin / high affinity systems / lipocalin fold / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Livnah, O. / Meir, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The highly dynamic oligomeric structure of bradavidin II is unique among avidin proteins. 著者: Leppiniemi, J. / Meir, A. / Kahkonen, N. / Kukkurainen, S. / Maatta, J.A. / Ojanen, M. / Janis, J. / Kulomaa, M.S. / Livnah, O. / Hytonen, V.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12581.157 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 3 詳細: 1 uL drop of 3.4 mg/mL protein in 0.5 M acetic acid, pH 3.0, with 0.12 M magnesium formate, diffraction parameters improved with later addition of 0.1 M sodium bromide, MICROBATCH, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月30日 |
放射 | モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.693→50 Å / Num. all: 23010 / Num. obs: 23010 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3EW1 解像度: 1.693→40.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.34 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.693→40.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.693→1.737 Å / Total num. of bins used: 20
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