PDB-4gfp: 2.7 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gfp

タイトル

2.7 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in a second conformational state

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.7 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii in second conformational state
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2012年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gfp.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gfp.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gfp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gfp_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gfp_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	4gfp_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	4gfp_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/4gfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/4gfp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3slhS 3roi 4egr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v3o-2 3v3n-1 3zh4-d 2o0d-d 3v3o-4 3p9u-2 4a99-2 3kqj-d 3p9u-4 4a6n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP01842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.426, 125.426, 108.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 49225.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 7.5 mg/ml, 0.25 M NaCl, 0.01 M Tris-HCl pH 7.3, Screen solution: Classics D7 (Qiagen), 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: Beryllium lens
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 27005 / Num. obs: 27005 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1344 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SLH

3slh

解像度: 2.7→29.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 18.702 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26104	1358	5 %	RANDOM
R_work	0.22703	-	-	-
obs	0.22869	25628	98.63 %	-
all	-	25628	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.94 Å²	-2.94 Å²	0 Å²
2-	-	-2.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3018	0	8	41	3067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.993	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.762	3.001	7081
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.044	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.648	24.561	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.191	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.212	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.676→2.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	79	-
R_work	0.298	1571	-
obs	-	-	82.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7266	0.7556	0.3166	0.9303	0.5442	0.4582	-0.0731	-0.0758	0.0334	-0.1262	-0.0205	0.0885	-0.0988	0.0464	0.0936	0.3076	-0.0488	-0.0401	0.1951	-0.0062	0.0375	-55.2891	24.1924	9.465
2	4.0458	0.6859	-5.956	7.8926	-3.3301	9.4683	0.104	-0.4311	0.1704	-1.0568	0.0016	-0.9088	0.0078	0.5933	-0.1056	0.349	-0.22	0.1669	0.2312	-0.0032	0.3314	-38.5576	14.781	3.9128
3	0.1774	0.5224	0.364	2.2282	0.6362	1.286	0.0219	0.0234	-0.0871	-0.131	-0.1336	-0.5533	0.2331	-0.0175	0.1117	0.1694	0.0056	0.0293	0.2032	0.0122	0.2613	-47.7203	4.0019	6.0453
4	1.1625	-0.6682	0.6387	2.085	0.2295	0.7929	0.0277	-0.2781	-0.0068	0.316	-0.044	-0.2072	0.0014	-0.0959	0.0162	0.3198	-0.0758	-0.0867	0.2362	0.0488	0.076	-53.0982	11.5728	20.9005
5	0.9965	0.2723	0.1798	1.0447	0.2107	0.5776	-0.043	-0.0446	0.0627	-0.0945	0.1103	-0.06	0.1797	0.0907	-0.0674	0.2701	-0.0783	-0.008	0.2494	-0.0731	0.0307	-38.8475	33.3367	27.3571
6	3.3593	0.7444	-0.0692	5.3601	-0.8952	0.2232	0.0094	0.7951	0.2381	-0.3043	0.0054	-0.0992	0.1414	0.1855	-0.0147	0.3202	0.0929	0.0764	0.6835	-0.1309	0.1319	-27.1379	32.005	22.0966
7	15.3556	4.5559	-2.6707	2.0104	-0.8674	0.4747	-0.4624	0.9151	-0.1823	0.2796	0.4437	0.142	0.0239	-0.1694	0.0187	0.3404	0.0228	0.0925	0.2415	0.022	0.1746	-26.9857	18.2744	18.8989
8	2.1798	-0.8121	0.8014	2.349	-0.3986	2.141	-0.2632	0.4898	0.1592	-0.6618	0.1806	-0.1016	0.2148	0.2991	0.0826	0.4067	-0.1738	0.0238	0.3968	-0.0541	0.0568	-30.208	37.0775	12.5254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	128 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	164 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	231 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	313 - 333
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	334 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	341 - 431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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