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- PDB-4gf5: Crystal Structure of Calicheamicin Methyltransferase, CalS11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gf5
タイトルCrystal Structure of Calicheamicin Methyltransferase, CalS11
要素CalS11
キーワードTRANSFERASE / CalS11 / SAH / Methyltransferase / Calicheamicin / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / PSI-Biology / NATPRO / Enzyme Discovery for Natural Products Biosynthesis / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Macrocin-O-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / CalS11
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Helmich, K.E. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: to be published
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CalS11
C: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
H: CalS11
B: CalS11
D: CalS11
G: CalS11
I: CalS11
J: CalS11
K: CalS11
L: CalS11
M: CalS11
N: CalS11
O: CalS11
P: CalS11
Q: CalS11
R: CalS11
S: CalS11
T: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)589,39568
ポリマ－579,01720
非ポリマー10,37848
水49,2532734
1
A: CalS11
C: CalS11
E: CalS11
F: CalS11
H: CalS11
B: CalS11
D: CalS11
G: CalS11
I: CalS11
J: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,69734
ポリマ－289,50810
非ポリマー5,18924
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58040 Å2
ΔGint-523 kcal/mol
Surface area74960 Å2
手法PISA
2
K: CalS11
L: CalS11
M: CalS11
N: CalS11
O: CalS11
P: CalS11
Q: CalS11
R: CalS11
S: CalS11
T: CalS11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,69734
ポリマ－289,50810
非ポリマー5,18924
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58090 Å2
ΔGint-535 kcal/mol
Surface area74830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.112, 106.240, 184.600
Angle α, β, γ (deg.)80.880, 81.650, 70.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a decamer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A-J and chains K-T)

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要素

#1: タンパク質
CalS11


分子量: 28950.844 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
株: Micromonospora echinospora / 遺伝子: AAM70337, calS11 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8KNF1
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution (11 mg/ml CalS11, 25mM Tris pH 8.0, 5 mg/ml calicheamicin) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (25% PEG 3350, .2M LiSO4, .1M Tris pH 8.5) Cryoprotected with 30% PEG ...詳細: Protein solution (11 mg/ml CalS11, 25mM Tris pH 8.0, 5 mg/ml calicheamicin) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (25% PEG 3350, .2M LiSO4, .1M Tris pH 8.5) Cryoprotected with 30% PEG 3350, .2M LiSO4, .1M Tris pH 8.5, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月5日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 254196 / Num. obs: 254196 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 0.797 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.243.70.48483790.634162.9
2.24-2.283.70.46895790.648170.7
2.28-2.323.60.407114900.651186.4
2.32-2.373.70.359131570.677197.7
2.37-2.4240.367131470.66197.9
2.42-2.4840.32130890.667197.9
2.48-2.5440.295131180.678198
2.54-2.6140.261131820.683198.1
2.61-2.6940.233131870.714198.2
2.69-2.7740.21131450.744198.4
2.77-2.8740.161132300.803198.4
2.87-2.9940.144132010.847198.5
2.99-3.1240.122132310.922198.7
3.12-3.2940.097132060.971198.8
3.29-3.4940.084132530.851198.9
3.49-3.7640.072132850.863199
3.76-4.1440.061132710.887199.2
4.14-4.7440.053133460.992199.4
4.74-5.9740.052133390.981199.5
5.97-503.90.042133610.896199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.32 Å
Translation2.5 Å49.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3TOS

3tos


解像度: 2.2→49.322 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8689 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1899 0.75 %5% selected in thin shells
Rwork0.159 ---
all0.1594 254196 --
obs0.1594 254162 94.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.75 Å2 / Biso mean: 15.2599 Å2 / Biso min: 1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40116 0 660 2734 43510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18657201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0746281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.11115621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1976-2.25260.2544890.1958120281211763
2.2526-2.31350.26731050.2011150841518979
2.3135-2.38150.30691510.1879185661871798
2.3815-2.45840.26261330.1859186841881798
2.4584-2.54630.24251410.183186171875898
2.5463-2.64820.24691380.1792186731881198
2.6482-2.76870.23851540.1855187451889998
2.7687-2.91470.26081300.1833187101884098
2.9147-3.09730.23951410.1824187841892599
3.0973-3.33640.22311450.1632187761892199
3.3364-3.6720.1751480.1501188451899399
3.672-4.20310.17461390.1284189071904699
4.2031-5.29450.16881440.1221188971904199
5.2945-49.33450.16921410.13951894719088100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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