PDB-4gez: Structure of a neuraminidase-like protein from A/bat/Guatemala/16...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gez

タイトル

Structure of a neuraminidase-like protein from A/bat/Guatemala/164/2009

要素

Neuraminidase

キーワード

VIRAL PROTEIN / influenza virus / coat protein / neuraminidase-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yang, H. / Carney, P.J. / Donis, R.O. / Stevens, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of two subtype N10 neuraminidase-like proteins from bat influenza A viruses reveal a diverged putative active site.
著者: Zhu, X. / Yang, H. / Guo, Z. / Yu, W. / Carney, P.J. / Li, Y. / Chen, L.M. / Paulson, J.C. / Donis, R.O. / Tong, S. / Stevens, J. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2012年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月28日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gez.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gez.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4gez_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gez_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4gez_validation.xml.gz	157 KB	表示
CIF形式データ	4gez_validation.cif.gz	209.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4gez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4gez	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4gdiC 4gdjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fvk-1 4mc7-d 4gdi-3 4k3y-d 4gdi-2 4fvk-2 4gdi-1 6s3k-d 4pip-d 6mgr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

B: Neuraminidase

C: Neuraminidase

D: Neuraminidase

E: Neuraminidase

F: Neuraminidase

G: Neuraminidase

H: Neuraminidase

I: Neuraminidase

J: Neuraminidase

K: Neuraminidase

L: Neuraminidase

ヘテロ分子

509 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

B: Neuraminidase

C: Neuraminidase

D: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Neuraminidase

F: Neuraminidase

G: Neuraminidase

H: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Neuraminidase

J: Neuraminidase

K: Neuraminidase

L: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.325, 113.331, 114.305
Angle α, β, γ (deg.)	81.47, 81.55, 67.72
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Neuraminidase 分子量: 41936.121 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: H6QM85

-
糖 , 4種, 20分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

-
非ポリマー , 2種, 423分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.8M ammonium acetate, 20% PEG 4600, 0.1M MES, pH 6.5, microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 178855 / Num. obs: 174667 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 50.87 Å² / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 16487 / R_sym value: 0.42 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.884 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2616	8774	5.02 %	random
R_work	0.2185	-	-	-
obs	0.2207	174643	97.22 %	-
all	-	174667	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34258	0	366	411	35035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	35555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.171	48111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.121	13098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	5247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5258	0.3679	225	0.3093	4387	X-RAY DIFFRACTION	77
2.5258-2.5555	0.3569	268	0.3112	5215	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5555-2.5866	0.3447	273	0.2994	5353	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5866-2.6193	0.3606	281	0.3089	5401	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6193-2.6538	0.3351	304	0.2873	5516	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6538-2.6901	0.3622	278	0.2876	5547	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6901-2.7285	0.3286	289	0.2754	5491	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7285-2.7692	0.3221	299	0.2756	5629	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7692-2.8125	0.3331	329	0.2737	5479	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8125-2.8585	0.3369	273	0.2643	5663	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8585-2.9078	0.2937	281	0.2553	5523	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9078-2.9606	0.2992	296	0.2493	5564	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9606-3.0175	0.305	311	0.2532	5625	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0175-3.079	0.3025	293	0.2517	5622	X-RAY DIFFRACTION	98
3.079-3.1459	0.2851	294	0.2413	5625	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1459-3.219	0.2886	316	0.2296	5512	X-RAY DIFFRACTION	98
3.219-3.2994	0.2942	337	0.2285	5558	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2994-3.3885	0.2534	284	0.2146	5602	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3885-3.4881	0.2361	308	0.2094	5579	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4881-3.6005	0.2643	322	0.2071	5613	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6005-3.7289	0.2696	290	0.208	5623	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7289-3.8779	0.2506	280	0.2026	5619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8779-4.054	0.263	298	0.2007	5692	X-RAY DIFFRACTION	99
4.054-4.2672	0.2382	267	0.1883	5625	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2672-4.5337	0.2119	313	0.1827	5637	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5337-4.8823	0.2064	276	0.1703	5630	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8823-5.3711	0.2211	297	0.1844	5649	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3711-6.1425	0.2466	295	0.2115	5645	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1425-7.7167	0.2582	313	0.2228	5647	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7167-29.8863	0.2398	284	0.2245	5598	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0058	0.0014	-0.0019	0.0133	0.0042	0.036	-0.0214	-0.0516	-0.0218	0.0463	0.0025	0.0299	-0.0344	0.0022	-0.0394	0.1041	-0.083	0.0758	0.1244	-0.037	0.103	39.5205	50.1433	-40.0425
2	0.0024	0.0052	-0.0066	0.0196	-0.0199	0.0182	-0.0379	0.0162	0.0002	-0.0241	-0.0175	-0.0252	-0.0324	0.0381	-0.0381	0.0247	-0.1127	0.0444	0.0836	0.008	0.0817	47.0991	50.7802	-57.4678
3	0.0085	-0.0011	-0.0079	0.0062	-0.0089	0.012	-0.011	0.0218	-0.0323	-0.0203	-0.0134	-0.0203	0.0041	0.0116	-0.0235	-0.0372	-0.1332	0.0891	0.1232	-0.005	0.1666	32.7118	43.8441	-54.7808
4	0.1013	-0.0224	0.0062	0.0219	0.0101	0.0293	0.0129	-0.0823	0.1463	0.0148	-0.011	0.0231	-0.1596	0.0009	0.0056	-0.2032	0.0137	0.0108	0.036	-0.0381	0.1502	30.1886	61.5735	-43.3242
5	0.0388	-0.0434	-0.0465	0.054	0.0538	0.0652	0.0063	0.0152	0.0324	-0.0481	0.0269	-0.004	-0.0571	0.0262	0.0601	-0.0261	-0.1076	-0.0115	0.0564	0.1209	0.146	37.5472	31.5899	-63.0428
6	0.0369	0.0055	-0.0158	0.0014	-0.0016	0.0111	0.0413	-0.0069	0.0248	-0.0216	0.026	-0.0122	-0.0072	0.0006	0.0678	0.1076	-0.1787	0.0561	0.0703	-0.0333	0.1138	56.1556	29.4175	-66.304
7	0.0141	0.0044	0.0203	0.0022	0.002	0.0229	0.026	-0.0274	-0.0487	-0.0179	0.0032	-0.039	0.0234	-0.0138	0.0714	0.0849	-0.1098	0.028	0.0457	0.0718	0.1471	46.9607	17.0316	-61.5695
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9	0.0096	0.0071	0.009	0.0165	0.0165	0.0191	0.0173	0.002	-0.0448	0.0122	0.0157	0.0147	0.029	-0.0005	0.0158	0.0293	-0.0658	0.0373	0.0448	-0.0483	0.1573	57.8033	13.782	-50.5859
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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