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- PDB-4geh: Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4geh
タイトルCrystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10
要素
  • Programmed cell death protein 10
  • Serine/threonine-protein kinase MST4
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / alpha helix-rich protein / serine/threonine-protein kinase / protein binding / cell proliferation / cell growth / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / microvillus assembly / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / microvillus assembly / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of intracellular protein transport / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vesicle membrane / wound healing, spreading of cells / Golgi-associated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation / cell periphery / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / regulation of apoptotic process / angiogenesis / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / apical plasma membrane / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / MST4, kinase domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / MST4, kinase domain / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 10 / Serine/threonine-protein kinase 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhang, M. / Shi, Z.B. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism of CCM3 heterodimerization with GCKIII kinases
著者: Zhang, M. / Dong, L. / Shi, Z. / Jiao, S. / Zhang, Z. / Zhang, W. / Liu, G. / Chen, C. / Feng, M. / Hao, Q. / Wang, W. / Yin, M. / Zhao, Y. / Zhang, L. / Zhou, Z.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 10
B: Serine/threonine-protein kinase MST4
C: Programmed cell death protein 10
D: Serine/threonine-protein kinase MST4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9304
ポリマ－67,9304
非ポリマー00
水3,135174
1
A: Programmed cell death protein 10
B: Serine/threonine-protein kinase MST4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9652
ポリマ－33,9652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
2
C: Programmed cell death protein 10
D: Serine/threonine-protein kinase MST4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9652
ポリマ－33,9652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.243, 84.018, 109.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRALAALAAA15 - 21210 - 207
21THRTHRALAALACC15 - 21210 - 207
12ASPASPLYSLYSBB345 - 40923 - 87
22ASPASPLYSLYSDD345 - 40923 - 87

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 10 / Cerebral cavernous malformations 3 protein / TF-1 cell apoptosis-related protein 15


分子量: 23953.596 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10, CCM3, TFAR15 / プラスミド: HT-pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MST4 / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / MST-4 / Mst3 and SOK1-related kinase / STE20-like kinase ...Mammalian STE20-like protein kinase 4 / MST-4 / Mst3 and SOK1-related kinase / STE20-like kinase MST4 / Serine/threonine-protein kinase MASK


分子量: 10011.504 Da / 分子数: 2 / 断片: Dimerization domain, UNP residues 325-413 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST4, MASK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9P289, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
PH範囲: pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97930, 0.97907
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979071
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 52340 / Num. obs: 52288 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2568 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.164 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2532 2619 5.1 %RANDOM
Rwork0.22002 ---
all0.2217 48799 --
obs0.2217 48740 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å20 Å2
2---2.13 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4213 0 0 174 4387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9745769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01839782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5115529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77425.838197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90115840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3431519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02911
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A117060.12
12C117060.12
21B31540.16
22D31540.16
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 187 -
Rwork0.315 3557 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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