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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4geg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E.coli MenH Y85F Mutant | ||||||
![]() | 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase | ||||||
![]() | LYASE / menaquinone biosynthesis / alpha beta hydrolase / 2-succinyl-6-hydroxy-2 / 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / MenH Y85F mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnston, J.M. / Baker, E.N. / Guo, Z. / Jiang, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of E. coli Native MenH and Two Active Site Mutants. 著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 29499.348 Da / 分子数: 3 / 変異: Y85F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P37355, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 442分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Sodium Citrate, Ammonium sulfate, Lithium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.953695 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.489→124.587 Å / Num. all: 34120 / Num. obs: 34116 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 34.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.324 / Rsym value: 0.324 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso max: 98.04 Å2 / Biso mean: 20.8475 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.265 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→33.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.57 Å / Total num. of bins used: 17
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