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- PDB-4ge3: Schizosaccharomyces pombe DJ-1 T114V mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ge3
タイトルSchizosaccharomyces pombe DJ-1 T114V mutant
要素Uncharacterized protein C22E12.03c
キーワードUNKNOWN FUNCTION / DJ-1/PfpI family
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription cofactors / Aggrephagy / D-lactate dehydratase / glyoxalase III activity / glyoxal metabolic process / glycolate biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / cellular detoxification / response to oxidative stress / mitochondrion ...SUMOylation of transcription cofactors / Aggrephagy / D-lactate dehydratase / glyoxalase III activity / glyoxal metabolic process / glycolate biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / cellular detoxification / response to oxidative stress / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione-independent glyoxalase DJ-1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Madzelan, P. / Labunska, T. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Influence of peptide dipoles and hydrogen bonds on reactive cysteine pK(a) values in fission yeast DJ-1.
著者: Madzelan, P. / Labunska, T. / Wilson, M.A.
履歴
登録2012年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32014年11月19日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein C22E12.03c
B: Uncharacterized protein C22E12.03c
C: Uncharacterized protein C22E12.03c
D: Uncharacterized protein C22E12.03c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8939
ポリマ－85,6584
非ポリマー2355
水15,763875
1
A: Uncharacterized protein C22E12.03c
B: Uncharacterized protein C22E12.03c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8913
ポリマ－42,8292
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein C22E12.03c
D: Uncharacterized protein C22E12.03c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0026
ポリマ－42,8292
非ポリマー1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.579, 52.075, 82.912
Angle α, β, γ (deg.)89.01, 88.98, 66.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein C22E12.03c / DJ-1


分子量: 21414.594 Da / 分子数: 4 / 変異: T114V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC22E12.03c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10356
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 26% PEG4000, 100 mM Tris-HCl, 200 mM magnesium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: Osmic blue confocal
放射モノクロメーター: osmic blue optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→83 Å / Num. all: 102613 / Num. obs: 102613 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 9604 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
REFMAC5.6.0116精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GDH

4gdh
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.5→82.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.448 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement with 4 groups
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18864 5115 5 %RANDOM
Rwork0.15844 ---
all0.15992 102117 --
obs0.15992 102117 93.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.24 Å20.34 Å2
2--0.42 Å2-0.16 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→82.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5936 0 14 875 6825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9858805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1555838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30425.02253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.536151180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5941523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214899
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 386 -
Rwork0.272 6687 -
obs-7073 86.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1204-0.4586-0.13621.48431.03622.7697-0.10070.0691-0.16060.1248-0.02770.10830.2732-0.04480.12850.0415-0.02170.03420.0274-0.01650.06462.902412.5158-1.6898
20.9394-0.3215-0.53682.30870.55992.1893-0.0724-0.11830.08610.17960.0876-0.0765-0.16220.0876-0.01520.07680.0073-0.00480.0305-0.00270.02932.527832.588317.3821
31.3133-0.25850.38220.9793-0.26571.59360.0099-0.086-0.04840.039-0.0082-0.02620.08830.075-0.00180.01-0.0031-0.00690.04040.02410.02053.50342.7807-23.5347
41.2625-0.4636-0.23731.15560.09821.67230.03470.08510.0375-0.157-0.01820.0624-0.1099-0.1374-0.01650.02990.0024-0.01330.03660.01880.0215-12.575454.713-42.7032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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