PDB-4gcv: Structure of a Putative transcription factor (PA1374)from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gcv

タイトル

Structure of a Putative transcription factor (PA1374)from Pseudomonas aeruginosa

要素

Putative transcription protein

キーワード

TRANSCRIPTION / helex-turn-helex / transcription factor / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Choe, J. / Kim, H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: The X-ray crystal structure of PA1374 from Pseudomonas aeruginosa, a putative oxidative-stress sensing transcriptional regulator.
著者: Kim, H. / Choe, J.

履歴

登録	2012年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Data collection
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gcv.cif.gz	704.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gcv.ent.gz	591.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gcv_validation.pdf.gz	544.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gcv_full_validation.pdf.gz	606.3 KB	表示
XML形式データ	4gcv_validation.xml.gz	87.3 KB	表示
CIF形式データ	4gcv_validation.cif.gz	112.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3l1s-1 6dk4-1 5vug-d 1qwk-d 3zdf-2 3f7z-1 4pdg-d 6q2a-8 6v6l-d 6gn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcription protein

B: Putative transcription protein

C: Putative transcription protein

D: Putative transcription protein

E: Putative transcription protein

F: Putative transcription protein

G: Putative transcription protein

H: Putative transcription protein

I: Putative transcription protein

J: Putative transcription protein

K: Putative transcription protein

L: Putative transcription protein

ヘテロ分子

236 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Putative transcription protein

B: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative transcription protein

D: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative transcription protein

F: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Putative transcription protein

H: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Putative transcription protein

J: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Putative transcription protein

L: Putative transcription protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.897, 74.448, 230.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative transcription protein 分子量: 19519.275 Da / 分子数: 12 / 変異: E106Q, E107Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I3X0
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1M NaCl, 5.9% PEG3350, 0.1M Phosphate-citrate pH3.6 25% Glycerol, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97959 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.72 Å / Num. all: 97071 / Num. obs: 96489 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 99.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 18.616 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28695	4824	5 %	RANDOM
R_work	0.21399	-	-	-
obs	0.21763	91451	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13731	0	103	770	14604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.963	18988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.141	5	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.881	21.798	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.864	15	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.176	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.827	1.5	8546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.618	2	13679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.174	3	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.073	4.5	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	376	-
R_work	0.289	6403	-
obs	-	-	96.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2307	1.2894	1.1035	2.9903	0.6824	2.031	0.1486	0.0963	-0.3234	0.2092	-0.0502	-0.0891	0.268	-0.1061	-0.0984	0.0859	0.0572	-0.0286	0.1731	-0.0196	0.1519	60.597	-6.9743	147.2759
2	2.6684	0.7496	0.1795	3.4907	-0.1755	1.7476	0.0884	0.1749	0.1264	0.1767	-0.0779	0.0801	0.0091	-0.0222	-0.0105	0.0303	0.0556	-0.0027	0.1776	-0.0381	0.0871	63.7076	7.7245	146.5683
3	3.7669	-0.1503	-1.5977	0.8946	0.1567	2.5195	0.0859	-0.3361	0.1809	-0.1123	-0.0591	-0.1509	-0.0585	0.2144	-0.0267	0.1128	-0.0256	0.0029	0.2765	-0.0437	0.1383	40.1697	19.8509	114.3977
4	2.6594	-0.3522	0.5194	1.7686	-0.2227	2.0443	0.0766	-0.3068	-0.1125	-0.1759	-0.0356	-0.0023	0.0243	-0.0542	-0.041	0.0893	-0.0138	-0.0097	0.2843	0.0254	0.1321	27.3177	16.1676	113.8629
5	4.3007	0.0046	-1.5282	1.3344	0.4647	1.9046	0.1457	-0.2679	0.2377	-0.0749	-0.0632	-0.2157	-0.0117	0.2815	-0.0826	0.2076	0.0056	0.0331	0.058	-0.0054	0.1441	40.1649	19.6195	224.4735
6	3.6541	-0.2186	0.0309	2.3322	-0.006	1.5182	0.1115	-0.1651	-0.1112	-0.1734	-0.0917	0.0625	0.043	0.0388	-0.0198	0.169	0.0364	0.0334	0.0207	0.0177	0.0958	26.5505	15.3757	223.4642
7	1.5605	-0.3695	-0.0859	2.4998	0.6359	2.061	-0.2185	-0.0238	0.0378	0.1611	0.2715	-0.0913	0.0666	0.0306	-0.053	0.224	0.0904	-0.002	0.1714	-0.006	0.1314	37.1865	54.1768	190.8521
8	1.3992	-1.3192	0.4088	3.1667	-1.3426	3.0018	-0.2041	-0.019	0.0172	0.0826	0.2377	0.2777	-0.1333	-0.2312	-0.0336	0.1897	0.0578	0.0317	0.1669	0.0257	0.1602	26.6461	63.802	190.4174
9	1.5053	1.2791	0.9575	2.7886	1.0693	2.6851	0.1753	0.0906	-0.1963	0.2696	-0.1384	-0.047	0.198	-0.0609	-0.0368	0.2419	-0.0518	-0.032	0.1423	0.0101	0.1499	60.7671	-6.3707	37.6398
10	2.0446	0.6576	-0.4909	2.3734	-0.2953	2.0973	0.174	0.1159	0.0444	0.2956	-0.1414	0.1029	-0.0512	0.0238	-0.0326	0.2339	-0.0882	0.0155	0.1455	-0.0044	0.1261	64.0697	6.4708	37.0774
11	2.6711	-0.5586	-0.0342	3.4146	0.0319	1.4642	-0.1913	-0.0055	0.0183	-0.0251	0.209	-0.1344	0.0188	0.012	-0.0177	0.0775	-0.0798	-0.0265	0.1064	0.0244	0.0864	38.3294	53.9386	300.3271
12	2.0352	-1.4601	0.3644	4.126	-1.657	2.1504	-0.1882	-0.1043	0.0648	0.0595	0.2668	0.2801	-0.2421	-0.1894	-0.0786	0.1063	-0.06	-0.0175	0.1636	0.0304	0.1212	27.9085	63.7155	301.4393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 154
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	11 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	11 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	11 - 154
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	11 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	11 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	11 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	11 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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