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- PDB-4gcp: Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gcp
タイトルCrystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin
要素Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / Beta-barrel / Protein-drug complex / Trimer / Non-specific Channel / Ampicillin binding / Outer membrane / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AIC / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ziervogel, B.K. / Roux, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: The Binding of Antibiotics in OmpF Porin.
著者: Ziervogel, B.K. / Roux, B.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0414
ポリマ－74,3432
非ポリマー6992
水4,738263
1
A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5626
ポリマ－111,5143
非ポリマー1,0483
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area40460 Å2
手法PISA
2
B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5626
ポリマ－111,5143
非ポリマー1,0483
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area40500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.600, 116.600, 53.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

21B-617-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 8 - 340 / Label seq-ID: 9 - 341

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 37171.301 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 23-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ompF, cmlB, coa, cry, tolF, b0929, JW0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物 ChemComp-AIC / (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / AMPICILLIN / D(-)-ALPHA-AMINOBENZYLPENICILLIN / 6-[D(-)-ALPHA-AMINOPHENYLLACETAMIDO]PENICILLANIC ACID / アンピシリン


分子量: 349.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 56274 / Num. obs: 55640 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル% possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERv2.1位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→47.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.734 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23916 2836 5.1 %RANDOM
Rwork0.20312 ---
obs0.20494 52782 98.61 %-
all-53525 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.84 Å2-1.42 Å20 Å2
2---2.84 Å20 Å2
3---4.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 48 263 5447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0225262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.061.9377148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9795668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31824.786280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87915730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1961522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.53254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94225128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91632008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3094.52016
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2548 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal0.160.5
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 211 -
Rwork0.291 3845 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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