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- PDB-4gc2: Crystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gc2
タイトルCrystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in complex with GlcNAc beta(1-2)Man alpha(1-3)[GlcNAc beta(1-2)Man alpha(1-6)]Man
要素Putidacin L1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Monocot-lectin fold / bacteriocin / mannose based carbohydrates
機能・相同性Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta / Lectin-like bacteriocin
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. BW11M1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1201 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Loris, R.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Activity and Specificity of the Bacterial Toxin LlpA.
著者: Ghequire, M.G. / Garcia-Pino, A. / Lebbe, E.K. / Spaepen, S. / Loris, R. / De Mot, R.
履歴
登録2012年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putidacin L1
B: Putidacin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8983
ポリマ－59,9872
非ポリマー9111
水4,324240
1
A: Putidacin L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9941
ポリマ－29,9941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putidacin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9052
ポリマ－29,9941
非ポリマー9111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.242, 153.031, 33.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putidacin L1


分子量: 29993.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. BW11M1 (バクテリア)
株: Pseudomonas putida BW11M1 / 遺伝子: llpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GEJ9
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-2-1-2/a3-b1_a6-d1_b2-c1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole pH 6.5, 1.3 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8081 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→19.9 Å / Num. all: 45329 / Num. obs: 45329 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081
反射 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M7H

3m7h


解像度: 2.1201→19.894 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 2285 5.04 %
Rwork0.1554 --
obs0.157 45320 99.94 %
all-45320 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1201→19.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4104 0 61 240 4405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1495877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5721446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1201-2.16610.24941310.22212597X-RAY DIFFRACTION100
2.1661-2.21640.24571490.2182645X-RAY DIFFRACTION100
2.2164-2.27180.22531300.20542688X-RAY DIFFRACTION100
2.2718-2.33310.23841510.19242598X-RAY DIFFRACTION100
2.3331-2.40170.2461630.19312659X-RAY DIFFRACTION100
2.4017-2.4790.21811350.18632636X-RAY DIFFRACTION100
2.479-2.56750.22551310.19052667X-RAY DIFFRACTION100
2.5675-2.670.21881360.18262667X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.79120.23631510.18562674X-RAY DIFFRACTION100
2.7912-2.9380.20811390.1752661X-RAY DIFFRACTION100
2.938-3.12140.17961480.172726X-RAY DIFFRACTION100
3.1214-3.36130.19121550.15872673X-RAY DIFFRACTION100
3.3613-3.69760.20941250.13542718X-RAY DIFFRACTION100
3.6976-4.22820.15651420.12422764X-RAY DIFFRACTION100
4.2282-5.31030.12481390.11852760X-RAY DIFFRACTION100
5.3103-19.89450.17271600.14652902X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80160.96570.34093.47980.11971.03950.2074-0.1947-0.24690.6093-0.1584-0.14790.32790.1546-0.02910.3561-0.02070.01590.20080.05650.224348.46196.65988.28
20.99380.2553-0.274.46-1.34682.50920.01240.00650.0085-0.0241-0.05110.50070.0243-0.1280.01890.1424-0.02980.01630.1521-0.03860.254439.496230.3073-1.7406
32.6329-0.6934-0.73060.28690.00640.67640.02670.6506-0.0605-0.1280.25350.3648-0.0725-1.2138-0.24750.34970.08240.04461.0950.29830.53430.1784-15.75193.887
43.41530.4635-0.0452.3215-0.7671.37630.0735-0.13670.1813-0.01190.1461-0.0224-0.1829-0.1486-0.18390.28650.05260.03310.20230.0120.14926.5762-13.67132.75
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 275 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 129 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 130 through 275 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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