PDB-4gc1: Crystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gc1

タイトル

Crystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in complex with Man alpha(1-2)Man

要素

Putidacin L1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Monocot-lectin fold /

bacteriocin (バクテリオシン) / mannose based carhydrates

機能・相同性

機能・相同性情報

Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas sp. BW11M1 (シュードモナス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0801 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Loris, R.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Activity and Specificity of the Bacterial Toxin LlpA.
著者: Ghequire, M.G. / Garcia-Pino, A. / Lebbe, E.K. / Spaepen, S. / Loris, R. / De Mot, R.

履歴

登録	2012年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gc1.cif.gz	225.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gc1.ent.gz	180.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/4gc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m7hSC 3m7jC 4gc2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m7h-1 4gc2-1 3p7x-3 3m7h-2 1f1z-2 6pda-d 4gc2-2 1f1z-1 3m7j-1 3s1j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putidacin L1

B: Putidacin L1

ヘテロ分子

60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putidacin L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putidacin L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.474, 153.140, 33.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Putidacin L1

分子量: 29993.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas sp. BW11M1 (シュードモナス属)
株: Pseudomonas putida BW11M1 / 遺伝子: llpA / プラスミド: pUC18 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GEJ9

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M imidazole pH 6.5, 1.3 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8081 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8081 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→19.7 Å / Num. all: 48205 / Num. obs: 48078 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 36.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076
反射シェル	解像度: 2.08→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / R_sym value: 0.402 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M7H

3m7h

解像度: 2.0801→19.699 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	2433	5.06 %
R_work	0.1579	-	-
obs	0.1601	48061	99.87 %
all	-	48061	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0801→19.699 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4095	0	46	247	4388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.256	5915
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.644	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0801-2.1225	0.2792	145	0.2362	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1225-2.1686	0.2829	139	0.226	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1686-2.2189	0.2929	149	0.2208	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2189-2.2743	0.282	151	0.2124	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2743-2.3357	0.2105	128	0.2053	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3357-2.4044	0.2529	141	0.2055	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4044-2.4818	0.2447	149	0.1982	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4818-2.5703	0.2541	140	0.1905	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5703-2.673	0.2202	153	0.1848	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.673-2.7944	0.2484	148	0.1901	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7944-2.9412	0.2288	147	0.1879	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9412-3.1248	0.2151	135	0.1841	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1248-3.365	0.2502	147	0.1638	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.365-3.7016	0.1731	126	0.1436	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7016-4.2326	0.1488	138	0.1242	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2326-5.3152	0.1432	150	0.1101	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3152-19.7002	0.1772	147	0.1346	2891	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5809	-0.1913	0.5815	6.406	2.8092	6.8624	0.1458	0.5822	-0.1679	-0.1961	-0.1945	-0.6557	0.0722	0.3205	0.0526	0.3054	0.0159	0.0804	0.2935	0.0987	0.3104	53.901	9.2841	-0.5027
2	1.5087	0.0306	0.1781	2.1411	-1.3044	2.4384	0.1804	-0.2773	-0.1619	1.2443	-0.2226	-0.3047	0.3979	0.4062	0.1081	0.5543	-0.0616	-0.0723	0.3332	0.0868	0.2827	53.2783	12.0894	15.7756
3	1.4793	0.8544	0.9645	2.6659	-1.5498	2.6863	0.0821	-0.208	-0.4954	0.622	-0.1902	-0.1115	0.642	0.2819	0.1036	0.67	0.043	0.0675	0.2182	0.0815	0.4089	47.5325	-1.4787	10.3007
4	1.6751	0.6562	0.0492	2.2003	0.9573	1.5318	0.1101	-0.1511	-0.1588	0.3364	-0.0851	0.2018	0.2626	0.0864	-0.0294	0.3929	-0.013	0.0763	0.1943	0.0746	0.3277	44.0066	6.1132	4.889
5	0.6055	0.1191	-0.4572	2.5013	-0.2639	0.966	0.0531	-0.0582	-0.0127	0.1284	-0.0731	0.3748	-0.0232	-0.0224	0.0257	0.2798	-0.0397	0.028	0.2076	-0.0096	0.3092	42.3886	32.2465	-0.2408
6	4.171	0.8985	0.1161	5.516	0.7115	4.3848	0.0074	0.2679	0.0301	-0.6003	-0.0439	0.3742	-0.273	-0.1191	0.0407	0.2589	-0.0079	-0.0315	0.145	0.022	0.2384	40.4352	37.866	-9.4071
7	1.6635	0.8946	-0.241	2.8134	-1.0717	2.45	-0.1034	-0.0834	0.0514	0.1941	-0.0969	0.6863	0.1533	-0.2681	0.1656	0.261	-0.0392	0.0974	0.2036	-0.0387	0.4221	36.8116	21.0851	6.244
8	1.2967	-0.1695	-0.3593	0.0809	-0.0685	0.4823	0.113	0.5632	-0.0442	-0.1539	0.214	0.2489	0.031	-1.2988	-0.0832	0.2437	0.0808	0.0992	1.2152	0.2892	0.4174	0.3577	-15.392	4.2632
9	2.6773	0.3454	-0.1342	2.1899	-0.8252	1.3798	0.0938	-0.0718	0.1869	-0.0624	0.1176	-0.0606	-0.1815	-0.175	-0.2041	0.3047	0.0573	0.0559	0.1874	0.014	0.1742	26.5895	-13.4064	2.7624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 130 through 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 129 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 130 through 275 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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