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- PDB-4gb5: Crystal structure of Kfla4162 protein from Kribbella flavida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gb5
タイトルCrystal structure of Kfla4162 protein from Kribbella flavida
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / SnoaL-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / SnoaL-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Michalska, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Kfla4162 protein from Kribbella flavida (CASP Target)
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9365
ポリマ－17,3911
非ポリマー5454
水2,252125
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,80915
ポリマ－52,1723
非ポリマー1,63612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.948, 57.948, 81.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

21A-352-

HOH

31A-401-

HOH

詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17390.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_4162 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: D2PTS5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 6.2, 50% PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 22603 / Num. obs: 22441 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1110 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1096)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→28.974 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1798 1138 5.07 %random
Rwork0.1441 ---
all0.1458 22433 --
obs0.1458 22433 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1152 0 35 125 1312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3911712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.298457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5504-1.6210.19461360.17862646X-RAY DIFFRACTION99
1.621-1.70640.17431580.15782626X-RAY DIFFRACTION99
1.7064-1.81330.20271380.14562646X-RAY DIFFRACTION99
1.8133-1.95330.16611440.13172650X-RAY DIFFRACTION99
1.9533-2.14980.16311480.12052648X-RAY DIFFRACTION100
2.1498-2.46070.16811460.12322665X-RAY DIFFRACTION100
2.4607-3.09970.18431400.14232686X-RAY DIFFRACTION100
3.0997-28.9790.18721280.15742728X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65640.28920.48283.00011.49810.7916-0.02550.61150.1086-0.8615-0.00360.0193-0.28060.0102-0.1280.17530.00260.00920.1519-0.01490.08282.431726.98522.5831
20.2701-0.15070.20750.1902-0.22981.45060.02680.0201-0.1715-0.0291-0.0053-0.12720.1734-0.08860.09310.0799-0.00180.00060.0591-0.01570.1106-2.227317.023517.1668
32.35240.81431.39532.15081.51372.18360.0707-0.2702-0.34330.44580.0464-0.26650.5812-0.05750.12370.22240.04460.0170.08080.01890.12411.589514.091618.814
40.3221-0.05890.13780.05930.10810.4233-0.133-0.16110.01340.12910.1101-0.05080.0744-0.08250.02320.21650.06950.03220.1025-0.01330.14094.91839.379621.8485
51.42050.12380.03781.357-0.16340.2049-0.0007-0.0671-0.1708-0.04460.0068-0.08770.07310.02580.02680.045200.00420.02380.00510.05175.349623.123719.7447
63.23680.2479-0.94520.9320.61811.2321-0.0734-0.5864-0.46530.2271-0.0983-0.05450.3970.2393-0.16050.14950.0217-0.01750.14890.04410.175610.278923.751432.2943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:30)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 31:51)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 52:67)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 68:134)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 135:149)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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