PDB-4gam: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gam

タイトル

Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit

要素

(Methane monooxygenase component A ...) x 3
Methane monooxygenase regulatory protein B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Methane Monooxygenase / hydroxylase / regulatory subunit B

機能・相同性

機能・相同性情報

methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / one-carbon metabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylococcus capsulatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.902 Å

データ登録者

Lee, S.J. / Lippard, S.J. / Cho, U.-S.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Control of substrate access to the active site in methane monooxygenase.
著者: Lee, S.J. / McCormick, M.S. / Lippard, S.J. / Cho, U.S.

履歴

登録	2012年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gam.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gam.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4gam_validation.pdf.gz	556.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gam_full_validation.pdf.gz	646.7 KB	表示
XML形式データ	4gam_validation.xml.gz	158.3 KB	表示
CIF形式データ	4gam_validation.cif.gz	215.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/4gam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ckvS 1mmoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vk4-d 6yd0-1 6yy3-1 6vk8-d 6ydu-1 6vk5-d 6ydi-1 3jb6-d 6vhh-d 6ty8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Methane monooxygenase component A beta chain

A: Methane monooxygenase component A alpha chain

C: Methane monooxygenase component A gamma chain

D: Methane monooxygenase regulatory protein B

G: Methane monooxygenase component A beta chain

F: Methane monooxygenase component A alpha chain

H: Methane monooxygenase component A gamma chain

I: Methane monooxygenase regulatory protein B

L: Methane monooxygenase component A beta chain

K: Methane monooxygenase component A alpha chain

M: Methane monooxygenase component A gamma chain

N: Methane monooxygenase regulatory protein B

Q: Methane monooxygenase component A beta chain

P: Methane monooxygenase component A alpha chain

R: Methane monooxygenase component A gamma chain

S: Methane monooxygenase regulatory protein B

ヘテロ分子

568 kDa, 16 ポリマー
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1

B: Methane monooxygenase component A beta chain

A: Methane monooxygenase component A alpha chain

C: Methane monooxygenase component A gamma chain

D: Methane monooxygenase regulatory protein B

G: Methane monooxygenase component A beta chain

F: Methane monooxygenase component A alpha chain

H: Methane monooxygenase component A gamma chain

I: Methane monooxygenase regulatory protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
284 kDa, 8 ポリマー
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2

L: Methane monooxygenase component A beta chain

K: Methane monooxygenase component A alpha chain

M: Methane monooxygenase component A gamma chain

N: Methane monooxygenase regulatory protein B

Q: Methane monooxygenase component A beta chain

P: Methane monooxygenase component A alpha chain

R: Methane monooxygenase component A gamma chain

S: Methane monooxygenase regulatory protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
284 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	183.590, 248.970, 122.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Methane monooxygenase component A ... , 3種, 12分子 BGLQAFKPCHMR

#1: タンパク質	Methane monooxygenase component A beta chain / Methane hydroxylase 分子量: 45184.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MMOH : Purified from the original bacteria / 由来: (天然) Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Methylococcus capsulatus / 参照: UniProt: P18798, methane monooxygenase (soluble)
#2: タンパク質	Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane hydroxylase 分子量: 60717.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MMOH : Purified from the original bacteria / 由来: (天然) Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Methylococcus capsulatus / 参照: UniProt: P22869, methane monooxygenase (soluble)
#3: タンパク質	Methane monooxygenase component A gamma chain / Methane hydroxylase 分子量: 19879.732 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MMOH : Purified from the original bacteria / 由来: (天然) Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 株: Methylococcus capsulatus / 参照: UniProt: P11987, methane monooxygenase (soluble)

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DINS

#4: タンパク質	Methane monooxygenase regulatory protein B 分子量: 15999.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア) 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: mmoB, MCA1196 / プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P18797

#4: タンパク質

Methane monooxygenase regulatory protein B

分子量: 15999.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methylococcus capsulatus (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: mmoB, MCA1196 / プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P18797

-
非ポリマー , 2種, 53分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES and 15% PEG 20,000 (w/v) ure 298K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 457504 / Num. obs: 118133 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.8 Å² / R_sym value: 0.185 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.537 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MMO, 1CKV

1mmo

1ckv

解像度: 2.902→50 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	5918	5.01 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2082	118084	95.03 %
all	-	118133	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 14.342 Å² / k_sol: 0.298 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.1402 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	9.0761 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-19.2864 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.902→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39092	0	8	45	39145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	40174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	54535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.622	14504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	5612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	7080

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9024-2.9354	0.3606	188	0.305	3418	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9354-2.9699	0.331	197	0.2907	3781	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9699-3.0061	0.347	207	0.2813	3754	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0061-3.0442	0.3503	220	0.2785	3772	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0442-3.0843	0.3337	179	0.2706	3780	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0843-3.1265	0.3495	191	0.2675	3802	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1265-3.1712	0.3192	179	0.2622	3759	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1712-3.2185	0.3607	196	0.2509	3823	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2185-3.2688	0.2842	223	0.2428	3718	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2688-3.3224	0.3439	209	0.2385	3758	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3224-3.3797	0.2975	216	0.2306	3755	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3797-3.4412	0.2848	202	0.2227	3759	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4412-3.5074	0.2898	196	0.2132	3777	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5074-3.579	0.2339	191	0.2008	3741	X-RAY DIFFRACTION	96
3.579-3.6568	0.26	217	0.1995	3726	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6568-3.7419	0.2569	205	0.1985	3758	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7419-3.8354	0.2367	200	0.1928	3754	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8354-3.9391	0.2121	196	0.179	3730	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9391-4.0551	0.25	203	0.1806	3736	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0551-4.186	0.219	189	0.1659	3748	X-RAY DIFFRACTION	95
4.186-4.3356	0.2203	188	0.1682	3729	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3356-4.5092	0.2111	184	0.1695	3757	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5092-4.7144	0.215	213	0.1685	3720	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7144-4.963	0.23	191	0.1715	3735	X-RAY DIFFRACTION	95
4.963-5.2739	0.2281	198	0.1834	3744	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2739-5.6812	0.2437	186	0.1946	3706	X-RAY DIFFRACTION	93
5.6812-6.2529	0.244	208	0.2031	3718	X-RAY DIFFRACTION	93
6.2529-7.1577	0.2257	189	0.2002	3716	X-RAY DIFFRACTION	93
7.1577-9.0178	0.1839	169	0.164	3736	X-RAY DIFFRACTION	92
9.0178-147.9527	0.2146	188	0.1992	3756	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2786	0.2091	0.5367	1.3613	0.7323	1.6524	-0.21	0.1042	0.0996	-0.1426	0.083	0.0146	-0.1689	-0.0966	0.0749	0.0855	0.0264	0.0367	0.2225	0.0497	0.2102	-3.5618	-53.6981	-24.797
2	0.6477	0.0693	0.22	0.2518	-0.4209	1.077	0.0486	0.0499	0.074	0.0385	-0.0393	-0.1061	0.0913	0.0873	-0.0073	0.1354	0.0158	-0.0058	0.1136	-0.0158	0.1618	25.2051	-59.8879	-8.4229
3	1.1765	-0.1902	0.0131	0.5917	0.3512	0.9985	-0.0217	0.093	0.0974	0.0767	-0.084	-0.0234	0.0062	0.0926	0.0921	0.1451	-0.0176	-0.0049	0.1131	0.0089	0.1873	29.0401	-51.3509	-3.8518
4	2.4878	-0.2305	-1.1186	0.3033	0.3812	1.1655	0.0476	-0.1765	0.3271	0.09	0.0519	0.0009	-0.0009	0.1927	-0.0863	0.1891	-0.031	-0.0172	0.2045	0.0031	0.2005	36.1449	-44.8112	3.848
5	1.954	-0.1603	-0.8896	0.4375	0.1347	1.1955	-0.129	0.1742	-0.3971	-0.0359	-0.0989	-0.0962	0.1714	0.0664	0.1955	0.2187	0.0054	-0.038	0.3652	-0.0516	0.3405	25.2457	-72.9805	-6.0085
6	0.5168	-0.3087	-0.244	-0.2888	0.6289	0.4109	0.1222	-0.0169	-0.005	-0.1173	0.0113	-0.0684	0.2274	-0.1001	-0.0813	0.1553	0.0077	-0.0144	0.1942	0.0374	0.227	5.8334	-61.6727	-19.6834
7	0.2372	0.4769	-0.3584	0.4713	-0.0247	0.7716	-0.0614	0.0964	-0.094	0.07	0.0288	0.0072	0.1613	-0.0524	0.0177	0.2063	-0.0036	0.0289	0.2357	-0.0051	0.2181	-4.9489	-72.1814	-11.8708
8	0.2454	0.2002	-0.4162	0.5575	-0.1476	0.5684	0.0251	0.0492	-0.0148	-0.0206	-0.0102	0.1219	-0.0484	-0.2009	-0.0147	0.1584	0.0316	-0.0228	0.5201	-0.006	0.2101	-22.7456	-59.6004	-8.8987
9	0.4641	0.1296	-0.8479	0.0726	-0.0451	2.4243	-0.0221	0.0889	0.0363	0.09	-0.1455	0.3613	-0.0948	-0.3772	0.1218	0.217	0.4296	0.2052	0.4473	0.127	0.5096	-14.0227	-40.8497	1.3661
10	0.0804	-0.2704	-0.0688	1.1602	0.8049	2.3193	0.071	0.2945	0.5121	0.1816	0.0234	0.0646	-0.383	-0.2752	-0.0444	0.2012	0.2031	0.1064	0.5477	0.0835	0.4092	-6.5391	-36.3772	13.4857
11	2.3678	1.6018	0.0297	1.3551	-0.2524	0.2093	-0.1603	-0.2434	0.1396	-0.2221	0.0825	0.0397	-0.0953	-0.2437	0.0458	0.1734	0.0427	-0.0126	0.3044	0.0379	0.2755	-6.797	-49.2703	17.6119
12	2.9751	1.2873	1.5906	0.4888	0.6835	0.8553	-0.0195	-0.1483	0.0991	0.4027	-0.0936	0.0375	-0.183	0.2632	0.032	0.1383	-0.037	0.0189	0.3473	-0.0832	0.2332	1.0222	-43.2352	11.6463
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resseq 2:33)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resseq 34:61)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resseq 62:137)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resseq 138:224)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resseq 225:309)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resseq 310:341)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resseq 342:366)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resseq 367:389)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resseq 15:63)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resseq 64:260)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resseq 261:441)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resseq 442:526)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resseq 4:39)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resseq 40:124)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resseq 125:169)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'I' and (resseq 2:54)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resseq 55:68)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resseq 69:126)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resseq 127:133)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resseq 2:73)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resseq 74:130)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resseq 131:172)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resseq 173:203)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resseq 204:224)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resseq 225:251)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'L' and (resseq 252:275)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resseq 276:338)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resseq 339:366)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resseq 367:389)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resseq 15:63)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resseq 64:96)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resseq 97:160)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resseq 161:291)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resseq 292:378)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resseq 379:459)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resseq 460:526)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'M' and (resseq 4:24)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'M' and (resseq 25:39)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'M' and (resseq 40:52)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'M' and (resseq 53:86)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'M' and (resseq 87:103)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'M' and (resseq 104:118)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'M' and (resseq 119:143)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'M' and (resseq 144:151)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'M' and (resseq 152:165)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'N' and (resseq 2:36)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'N' and (resseq 37:129)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'Q' and (resseq 2:32)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'Q' and (resseq 33:73)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'Q' and (resseq 74:130)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'Q' and (resseq 131:203)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'Q' and (resseq 204:276)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'Q' and (resseq 277:338)
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75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'Q' and (resseq 367:389)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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