[日本語] English
万見
- PDB-4g9y: Crystal Structure of the PcaV transcriptional regulator from Stre... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9y
タイトルCrystal Structure of the PcaV transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor
要素PcaV transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / MarR family / winged helix-turn-helix / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Brown, B.L. / Davis, J.R. / Sello, J.K. / Page, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Study of PcaV from Streptomyces coelicolor yields new insights into ligand-responsive MarR family transcription factors.
著者: Davis, J.R. / Brown, B.L. / Page, R. / Sello, J.K.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PcaV transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4042
ポリマ－17,3121
非ポリマー921
水2,378132
1
A: PcaV transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: PcaV transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8084
ポリマ－34,6232
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,-y-1/2,-z-3/41
Buried area3740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.771, 102.771, 100.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

GOL

21A-325-

HOH

31A-388-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PcaV transcriptional regulator


分子量: 17311.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6704 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Gold / 参照: UniProt: Q9XAM6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2 M ammonium chloride, 20% w/v PEG 3350 , pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 17151 / Num. obs: 17150 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Net I/σ(I): 52.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 23.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 819 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4FHT

4fht


解像度: 2.051→41.277 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1724 10.06 %random
Rwork0.1751 ---
all0.1773 17134 --
obs0.1773 17131 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.051→41.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 6 132 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1151489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.852423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0511-2.11140.28071460.27331241X-RAY DIFFRACTION100
2.1114-2.17950.26781480.23521255X-RAY DIFFRACTION100
2.1795-2.25740.24331380.2171260X-RAY DIFFRACTION100
2.2574-2.34780.22231460.19541253X-RAY DIFFRACTION100
2.3478-2.45470.2431430.19431276X-RAY DIFFRACTION100
2.4547-2.58410.2471420.18231269X-RAY DIFFRACTION100
2.5841-2.74590.20951410.17491277X-RAY DIFFRACTION100
2.7459-2.95790.19831370.181289X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.25540.19891460.17251282X-RAY DIFFRACTION100
3.2554-3.72620.20671380.16161291X-RAY DIFFRACTION100
3.7262-4.69360.15721510.14311319X-RAY DIFFRACTION100
4.6936-41.28540.15741480.17421395X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22320.02110.00360.2012-0.00810.1353-0.10580.3485-0.0452-0.40740.2675-0.19940.03660.36510.01210.1975-0.0557-0.02640.2272-0.01780.1676-16.0012-18.8193-41.0216
20.39580.1821-0.33980.6429-0.09350.6249-0.1178-0.3053-0.43280.2066-0.198-0.3750.04140.2919-0.3440.1785-0.12390.01980.25580.09270.3003-2.7256-12.3401-20.3855
30.77630.5415-0.02810.41910.21690.5499-0.1482-0.06840.4333-0.09870.02140.1574-0.21030.0004-0.03130.12760.0116-0.00750.15210.00830.122-23.7944-15.5954-32.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:34)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 35:97)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 98:143)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る