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- PDB-4g9d: Crystal Structure of HLA B2705-KK10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9d
タイトルCrystal Structure of HLA B2705-KK10
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
  • P24
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / T cell / HLA B*2705 / KK10 / KK10-L6M / HIV / immune escape
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / viral process / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / viral process / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / exoribonuclease H activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / defense response / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / DNA integration / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / viral genome integration into host DNA / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / host multivesicular body / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / RNA-directed DNA polymerase activity / recycling endosome membrane / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / viral capsid / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / host cell / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / protein-folding chaperone binding / viral nucleocapsid / DNA recombination / early endosome membrane / DNA-directed DNA polymerase / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / symbiont-mediated suppression of host gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb ...gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Beta-2-Microglobulin / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / : / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / MHC class I-like antigen recognition-like / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / : / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Gag-Pol polyprotein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / p24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gras, S. / Wilmann, P.G. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: A Molecular Basis for the Control of Preimmune Escape Variants by HIV-Specific CD8(+) T Cells.
著者: Ladell, K. / Hashimoto, M. / Iglesias, M.C. / Wilmann, P.G. / McLaren, J.E. / Gras, S. / Chikata, T. / Kuse, N. / Fastenackels, S. / Gostick, E. / Bridgeman, J.S. / Venturi, V. / Arkoub, Z.A. ...著者: Ladell, K. / Hashimoto, M. / Iglesias, M.C. / Wilmann, P.G. / McLaren, J.E. / Gras, S. / Chikata, T. / Kuse, N. / Fastenackels, S. / Gostick, E. / Bridgeman, J.S. / Venturi, V. / Arkoub, Z.A. / Agut, H. / van Bockel, D.J. / Almeida, J.R. / Douek, D.C. / Meyer, L. / Venet, A. / Takiguchi, M. / Rossjohn, J. / Price, D.A. / Appay, V.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0124
ポリマ－44,9203
非ポリマー921
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.207, 82.350, 109.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain / MHC class I antigen B*27


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド P24


分子量: 1243.564 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 99-108 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GL peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YXW1, UniProt: P03366*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG 3350 and 0.3M Na2SO4, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 61797 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 %

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ogt

1ogt


解像度: 1.6→46.366 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 3129 5.07 %
Rwork0.1945 --
obs0.1965 61718 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.3221 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6959 Å2-0 Å20 Å2
2---4.077 Å2-0 Å2
3---6.7728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 6 507 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0451265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6250.27481440.24592614X-RAY DIFFRACTION100
1.625-1.65170.28121440.24152633X-RAY DIFFRACTION100
1.6517-1.68010.2951560.23682596X-RAY DIFFRACTION100
1.6801-1.71070.28421270.23442666X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.74360.2561420.22412598X-RAY DIFFRACTION100
1.7436-1.77920.25341370.22672656X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.81790.26861470.21312623X-RAY DIFFRACTION100
1.8179-1.86020.24391310.21582615X-RAY DIFFRACTION100
1.8602-1.90670.2611330.21252670X-RAY DIFFRACTION100
1.9067-1.95820.25061180.21592668X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.01590.28591370.21062631X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.08090.24231500.20542642X-RAY DIFFRACTION100
2.0809-2.15530.25971220.20942689X-RAY DIFFRACTION100
2.1553-2.24160.23661560.22629X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.34360.23421540.20572649X-RAY DIFFRACTION100
2.3436-2.46720.22251370.19782651X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.62170.26441550.2022671X-RAY DIFFRACTION100
2.6217-2.82410.24321620.19742655X-RAY DIFFRACTION100
2.8241-3.10830.23071430.19192705X-RAY DIFFRACTION100
3.1083-3.55790.2181360.17812714X-RAY DIFFRACTION100
3.5579-4.4820.19111480.15912732X-RAY DIFFRACTION100
4.482-46.38570.20411500.17992882X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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