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- PDB-4g8j: X-ray Structure of Uridine Phosphorylease from Vibrio cholerae Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g8j
タイトルX-ray Structure of Uridine Phosphorylease from Vibrio cholerae Complexed with Thymidine at 2.12 A Resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / alpha-beta-alpha sandwich / Nucleoside and phosphate binding / Phosphorylation / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / UMP salvage / uridine phosphorylase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.119 Å
データ登録者Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Prokofev, I.I. / Sotnichenko, S.E. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of uridine phosphorylease from Vibrio cholerae complexed with thymidine
著者: Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Prokofev, I.I. / Sotnichenko, S.E. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,79230
ポリマ－162,6546
非ポリマー2,13824
水23,6181311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26940 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.796, 95.905, 91.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 遺伝子: udp / プラスミド: pMZ21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K4U1, uridine phosphorylase

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非ポリマー , 6種, 1335分子

#2: 化合物
ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Magnesium chloride hexahydrate, TRIS hydrochloride, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.801 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.119→79.611 Å / Num. all: 78327 / Num. obs: 78327 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 14.25 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.12-2.237.10.2473.180251113340.24799
2.23-2.377.80.2063.883494107700.206100
2.37-2.537.80.156578894101650.156100
2.53-2.747.80.1367338594420.13100
2.74-37.80.0948.36791387390.094100
3-3.357.80.06312.26082078460.063100
3.35-3.877.70.04616.45404070110.046100
3.87-4.747.70.03620.64524558980.036100
4.74-6.77.70.04217.53522745950.042100
6.7-29.6667.20.03219.51830425270.03298.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.67 Å
Translation2.5 Å29.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O6V

3o6v


解像度: 2.119→11.988 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.8901 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 3921 5.04 %RANDOM
Rwork0.1486 ---
obs0.1511 77872 99.84 %-
all-78306 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.7 Å2 / Biso mean: 17.1027 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.119→11.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11201 0 132 1311 12644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81215857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6344326
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1189-2.14460.22831340.17932549268396
2.1446-2.17160.20561240.146226322756100
2.1716-2.20.25131300.156526122742100
2.2-2.230.23521350.173926792814100
2.23-2.26160.25551680.161625822750100
2.2616-2.29520.211540.153326902844100
2.2952-2.33080.24811250.152526172742100
2.3308-2.36870.21271450.151526062751100
2.3687-2.40920.22911480.154926632811100
2.4092-2.45270.20911310.147326312762100
2.4527-2.49940.21181310.144726312762100
2.4994-2.550.20831290.14826502779100
2.55-2.60490.22221420.148226382780100
2.6049-2.66480.21921460.160826402786100
2.6648-2.73070.20731510.154626182769100
2.7307-2.80360.22811190.149826532772100
2.8036-2.8850.21671460.161926382784100
2.885-2.97670.24071410.162126022743100
2.9767-3.08140.19151470.157727062853100
3.0814-3.20250.18761400.153725892729100
3.2025-3.34520.18011530.154226342787100
3.3452-3.51740.17971430.142326982841100
3.5174-3.73150.18221350.141626352770100
3.7315-4.00960.16041480.136726682816100
4.0096-4.39490.16051290.126726292758100
4.3949-4.99030.15171460.12726652811100
4.9903-6.14310.19421450.154126882833100
6.1431-11.98830.15861360.140127082844100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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