PDB-4g8d: Crystal structures of N-acyl homoserine lactonase AidH S102G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g8d

タイトル

Crystal structures of N-acyl homoserine lactonase AidH S102G mutant

要素

Alpha/beta hydrolase fold protein

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / AHL-lactonase / AHL-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Ochrobactrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Liang, D.C. / Yan, X.X. / Gao, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: High-resolution structures of AidH complexes provide insights into a novel catalytic mechanism for N-acyl homoserine lactonase
著者: Gao, A. / Mei, G.Y. / Liu, S. / Wang, P. / Tang, Q. / Liu, Y.P. / Wen, H. / An, X.M. / Zhang, L.Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C.

履歴

登録	2012年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	4g8d_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4g5xSC 4g8bC 4g8cC 4g9eC 4g9gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g8b-1 4g9g-1 4rfd-d 4dnq-6 1cnx-d 5dj5-1 5zhs-d 4g9g-2 6azb-2 5dsr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold protein

B: Alpha/beta hydrolase fold protein

61.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alpha/beta hydrolase fold protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha/beta hydrolase fold protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.426, 129.941, 44.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold protein / AHL-lactonase 分子量: 30623.342 Da / 分子数: 2 / 変異: S102G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ochrobactrum (バクテリア) / 株: T63 / 遺伝子: aidH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2J2T6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG8000, 0.2M LiAc, 0.1M NaAc, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 180 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→20 Å / Num. obs: 99376 / % possible obs: 50.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / B_iso Wilson estimate: 9.23 Å²
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G5X

4g5x

解像度: 1.35→19.825 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9161 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1675	4879	4.99 %	RANDOM
R_work	0.133	-	-	-
obs	0.1347	97703	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 96.004 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 237.19 Å² / B_iso mean: 17.8113 Å² / B_iso min: 3.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3339 Å²	0 Å²	-1.927 Å²
2-	-	-1.7726 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.4386 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.825 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4226	0	0	1138	5364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4420
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	5991
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.296	1633

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.35-1.3982	0.2197	514	0.1747	9231	9745	99
1.3982-1.4542	0.1698	474	0.1476	9262	9736	100
1.4542-1.5204	0.1575	510	0.1354	9259	9769	100
1.5204-1.6005	0.1537	486	0.1263	9228	9714	100
1.6005-1.7007	0.1675	518	0.124	9300	9818	100
1.7007-1.832	0.1589	509	0.1255	9246	9755	100
1.832-2.0161	0.1707	476	0.1305	9319	9795	100
2.0161-2.3075	0.1614	452	0.13	9291	9743	100
2.3075-2.9058	0.1834	459	0.1411	9353	9812	100
2.9058-19.8272	0.1604	481	0.1276	9335	9816	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2599	0.4444	-0.1415	1.0831	-0.4607	1.0443	-0.0221	-0.0893	0.1186	0.1118	0.0856	0.1854	0.0203	-0.2822	0.0045	0.073	0.0073	0.0151	0.123	-0.0216	0.1177	16.9573	67.5566	22.2895
2	0.2855	0.4562	0.1742	0.7698	0.1074	0.8197	-0.0579	-0.0507	0.0725	0.0721	-0.0172	0.14	-0.0796	-0.068	0.0739	0.0531	0.0164	-0.0108	0.0564	-0.0113	0.0751	24.5308	70.3609	18.3609
3	0.695	0.9907	-0.2333	1.6363	0.0803	1.4767	-0.0634	0.0445	0.1091	0.0011	-0.0334	0.2114	0.1154	-0.2076	0.0983	0.0571	0.0001	-0.0125	0.0891	-0.021	0.0937	20.1775	61.9442	12.7656
4	0.3299	0.2499	-0.109	0.9751	0.2415	0.5506	-0.0701	0.0037	-0.0361	-0.0973	0.0368	-0.0161	-0.0316	0.0321	0.0288	0.0475	-0.0051	-0.0151	0.0205	0.0014	0.041	32.2859	67.7031	9.0476
5	1.4116	0.204	0.9606	1.179	-0.0197	0.7975	-0.0501	-0.0668	0.0983	0.2691	0.0312	-0.1325	-0.1308	0.1507	0.0767	0.1409	-0.0106	-0.0515	0.0984	0.0066	0.0962	41.7999	66.7378	30.4037
6	0.2507	0.1078	0.0359	0.9318	0.2217	0.139	0.0228	-0.057	0.0444	0.2266	-0.0622	-0.0327	0.0007	-0.0049	0.0319	0.1248	-0.0073	-0.024	0.0841	-0.0052	0.0796	35.2837	72.2544	28.6513
7	1.601	0.6132	2.8523	1.206	1.1622	5.1036	0.0065	0.2707	0.0116	0.1099	0.1988	-0.3123	-0.0275	0.7519	-0.1585	0.0669	0.0091	-0.0176	0.1331	-0.0045	0.1019	38.8468	56.5153	16.544
8	0.4321	0.1385	0.0937	0.7991	0.4555	0.3691	-0.0524	0.0744	-0.0051	-0.2417	-0.0102	-0.05	-0.1526	0.0623	0.0493	0.1152	-0.0256	0.0027	0.0648	0.0066	0.0659	37.0604	70.4127	3.3441
9	0.3796	0.16	0.0966	0.5835	0.468	0.8951	-0.0885	0.0139	0.0607	-0.1828	0.1001	-0.1161	-0.2913	0.1223	0.0005	0.1317	-0.042	-0.0061	0.0536	0.0058	0.0802	39.9859	78.4197	8.7829
10	0.5838	0.6207	0.5747	0.907	0.3422	0.8574	-0.275	-0.0312	0.2612	-0.5172	0.0407	0.3953	-0.3343	-0.1045	0.2405	0.2404	-0.0051	-0.1285	0.05	0.0199	0.1375	26.9631	83.2748	4.5084
11	2.19	-3.0713	1.0341	4.6685	-1.1982	1.0044	-0.1716	-0.3051	-0.1404	0.3163	0.2434	0.5105	-0.1348	-0.2364	-0.0486	0.0912	0.0314	-0.0017	0.1073	-0	0.0969	12.4251	43.7322	13.5814
12	1.0469	-1.8781	1.6905	3.4944	-3.0326	2.7299	-0.0649	-0.2702	-0.227	0.198	0.2793	0.3174	-0.0821	-0.3506	-0.2075	0.0783	0.016	0.0154	0.0923	0.0249	0.1133	18.2018	32.0147	17.5798
13	0.3257	-0.2941	0.2904	0.5619	-0.2191	0.5046	0.011	0.0063	-0.0417	-0.0184	0.0361	0.1257	0.0453	-0.029	-0.0498	0.0469	0.0013	-0.0081	0.0538	0.0069	0.0844	19.558	33.3263	9.2127
14	0.4997	0.0383	0.1814	0.4856	0.1487	0.4806	-0.0278	-0.0071	0.0764	0.0106	0.0086	0.0415	-0.04	-0.0182	0.0205	0.0444	0.0018	-0.0052	0.0499	-0.0009	0.0696	22.8721	45.947	9.8461
15	0.5391	0.0762	-0.4682	0.5674	0.0815	0.6534	0.0297	0.0504	0.0538	-0.0176	0.0021	-0.0391	-0.0592	-0.022	-0.0329	0.0483	0.0053	-0.0024	0.0556	0.0017	0.0833	33.906	42.3229	2.8722
16	0.5732	-0.4133	0.3753	0.3227	-0.3906	0.8252	0.0343	0.0424	-0.0808	-0.1909	0.037	0.1869	0.104	-0.035	-0.1193	0.1417	-0.0171	-0.0464	0.0808	0.0041	0.1051	18.516	37.5976	-9.9321
17	1.8356	1.4294	0.9182	1.3685	0.7903	1.2451	-0.0349	0.2161	-0.0648	-0.1197	0.0922	0.0156	-0.0271	0.1072	-0.0517	0.0719	-0.0092	-0.0312	0.0799	0.0124	0.1022	19.3255	46.1803	-3.7694
18	0.139	0.228	-0.1258	0.7993	-0.2399	0.166	-0.0162	0.0312	0.0207	-0.0184	-0.0549	-0.1828	-0.0102	0.0369	0.0684	0.0427	-0.0018	0.0008	0.0754	-0.0018	0.0994	39.4014	47.5742	6.729
19	0.6563	-0.0205	0.3385	0.5166	-0.1	0.3716	0.058	0.0705	-0.131	-0.0423	0.0027	-0.1103	0.076	0.0522	-0.0609	0.0521	0.0133	-0.0034	0.0545	-0.0211	0.0848	35.0152	29.5909	2.433
20	0.6981	0.2647	0.9443	0.139	0.403	1.33	0.0341	-0.1327	-0.1128	0.4993	0.0746	-0.4209	0.4053	0.2962	-0.1388	0.2042	0.0193	-0.0644	0.0881	-0.0015	0.1348	37.2533	28.0863	21.2793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:19)	A	3 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:81)	A	20 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:89)	A	82 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 90:142)	A	90 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 143:158)	A	143 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 159:185)	A	159 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 186:198)	A	186 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 199:218)	A	199 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 219:256)	A	219 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 257:271)	A	257 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 3:15)	B	3 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 16:26)	B	16 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 27:64)	B	27 - 64
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 65:108)	B	65 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 109:143)	B	109 - 143
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 144:170)	B	144 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 171:193)	B	171 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 194:209)	B	194 - 209
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 210:267)	B	210 - 267
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 268:273)	B	268 - 273

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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