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万見
- PDB-4g7x: Crystal structure of a complex between the CTXphi pIII N-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7x
タイトルCrystal structure of a complex between the CTXphi pIII N-terminal domain and the Vibrio cholerae TolA C-terminal domain
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • TolA protein
キーワードPROTEIN BINDING/PROTEIN BINDING / Membrane / PROTEIN BINDING-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Vibrio phage CTXphi pIII, N-terminal N1 domain / TolA C-terminal / Tol-Pal system, TolA / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 - #10 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TolA protein / TolA protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Kolappan, S. / Ford, C.G. / Craig, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of a CTX{varphi} pIII Domain Unbound and in Complex with a Vibrio cholerae TolA Domain Reveal Novel Interaction Interfaces.
著者: Ford, C.G. / Kolappan, S. / Phan, H.T. / Waldor, M.K. / Winther-Larsen, H.C. / Craig, L.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年11月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: TolA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5832
ポリマ－26,5832
非ポリマー00
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.380, 46.160, 101.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 11509.833 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: CIRS101 / 遺伝子: orfU, VCH_002198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6RZG1
#2: タンパク質 TolA protein


分子量: 15072.992 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: tolA, VC0395_A1430, VC395_1952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F754, UniProt: A0A0H3AIH3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25 % PEG 6000, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→39.9 Å / Num. all: 37355 / Num. obs: 35426 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 257179 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.114 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1865 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 35426 99.66 %-
all-37355 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.936 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 0 197 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9741.9832354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0865232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14324.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.74315287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.841511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211357
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.482 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 125 -
Rwork0.227 2257 -
obs--95.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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