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- PDB-4g7w: Crystal structure of the N-terminal domain of the minor coat prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7w
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the minor coat protein pIII from CTXphi
要素Putative uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / beta barrel / TolA binding domain / selenomethionine-substituted protein / phage coat
機能・相同性Vibrio phage CTXphi pIII, N-terminal N1 domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kolappan, S. / Ford, C.G. / Craig, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of a CTX{varphi} pIII Domain Unbound and in Complex with a Vibrio cholerae TolA Domain Reveal Novel Interaction Interfaces.
著者: Ford, C.G. / Kolappan, S. / Phan, H.T. / Waldor, M.K. / Winther-Larsen, H.C. / Craig, L.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年11月7日Group: Database references

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8833
ポリマ－52,8833
非ポリマー00
水1629
1
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6281
ポリマ－17,6281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6281
ポリマ－17,6281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6281
ポリマ－17,6281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.250, 126.250, 128.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.957847, -0.016824, -0.286787), (-0.030308, -0.986795, 0.159116), (-0.285677, 0.161101, 0.944688)80.96861, 140.42337, 0.02828
3given(0.56346, 0.79887, 0.210523), (-0.300275, 0.435436, -0.848664), (-0.769641, 0.414973, 0.485232)-17.33102, 85.57391, -7.76148

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17627.809 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: CIRS101 / 遺伝子: orfU, VCH_002198 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6RZG1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mM Bis Tris, 50 mM NaCl, Fos-Choline-9, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979221
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 13171 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.14
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.9-2.98199.9
2.98-3.06199.9
3.06-3.151100
3.15-3.241100
3.24-3.241100
3.35-3.471100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 31.984 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26193 694 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.234 ---
obs0.234 13171 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.454 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.59 Å21.8 Å20 Å2
2--3.59 Å20 Å2
3----5.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 0 9 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9683166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4365294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68425100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.86615315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.96156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 45 -
Rwork0.342 803 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.942-0.50620.79332.74070.2525.03780.0185-0.59910.75890.19320.16730.0601-0.5622-0.0898-0.18580.4093-0.04870.16110.4788-0.19780.413136.780783.325613.7745
21.65060.35070.19252.7725-0.16776.16650.2406-0.1431-0.1304-0.0745-0.0657-0.71530.19690.939-0.17490.13790.08530.02360.4309-0.05330.305640.398659.079916.7161
310.9870.3732-0.70710.4216-0.99972.6725-0.32970.6986-0.6442-0.37930.29570.09080.7764-0.84190.03390.4773-0.0908-0.14550.4064-0.08440.28714.256150.961423.3985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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