[日本語] English
- PDB-4g7h: Crystal structure of Thermus thermophilus transcription initiatio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7h
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus transcription initiation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / transcription initiation complex / RNAP-promoter complex / RNAP-promoter open complex / open complex / RPo / RNA polymerase / transcription initiation / transcription Initiation factor sigma A / promoter DNA / nucleoid / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / : ...Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #90 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, Y. / Ebright, R.H.
引用ジャーナル: Science / : 2012
タイトル: Structural basis of transcription initiation.
著者: Zhang, Y. / Feng, Y. / Chatterjee, S. / Tuske, S. / Ho, M.X. / Arnold, E. / Ebright, R.H.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor
G: 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
P: RNA polymerase sigma factor
Q: 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'
R: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)886,68930
ポリマ-886,18416
非ポリマー50514
9,260514
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor
G: 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,34515
ポリマ-443,0928
非ポリマー2527
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52330 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area141520 Å2
手法PISA
2
K: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
L: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
O: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
P: RNA polymerase sigma factor
Q: 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'
R: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,34515
ポリマ-443,0928
非ポリマー2527
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52660 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area141040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.560, 104.570, 297.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'C' and ((resseq 260:760))
211chain 'M' and ((resseq 260:760))
112chain 'D' and ((resseq 100:215))
212chain 'N' and ((resseq 100:215))
113chain 'D' and ((resseq 340:950))
213chain 'N' and ((resseq 340:950))
114chain 'E'
214chain 'O'
115chain 'C' and ((resseq 820:1118))
215chain 'M' and ((resseq 820:1118))

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABKLCMDNEO

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / : HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / : HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase beta-prime subunit / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / ...RNA polymerase beta-prime subunit / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / : HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / : HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FP

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor / RNA polymerase principle sigma factor / sigma A


分子量: 50769.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
: HB8 / 遺伝子: rpoD, TTHA0532 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKW1

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GQHR

#6: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*T*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*G)-3'


分子量: 5821.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template strand
#7: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 8421.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: nontemplate strand

-
非ポリマー , 3種, 528分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.7, 200 mM potassium chloride, 50 mM magnesium chloride, 10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 250138 / Num. obs: 249337 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IW7
解像度: 2.9→49.27 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 2204 0.88 %
Rwork0.188 --
obs0.1884 249046 99.48 %
all-249053 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6203 Å20 Å26.6393 Å2
2--24.6399 Å20 Å2
3----19.0196 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55246 1646 14 514 57420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00558086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98978906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.36322558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0748882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00510066
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11C3949X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12M3949X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.097
21D931X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22N931X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.118
31D4784X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32N4784X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
41E761X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42O761X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.155
51C2334X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52M2334X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9630.40211360.30915254X-RAY DIFFRACTION99
2.963-3.0320.33971400.285815217X-RAY DIFFRACTION99
3.032-3.10780.29381300.27215277X-RAY DIFFRACTION99
3.1078-3.19180.32861380.26315279X-RAY DIFFRACTION99
3.1918-3.28570.29461360.25315355X-RAY DIFFRACTION99
3.2857-3.39170.30071380.232915347X-RAY DIFFRACTION99
3.3917-3.51290.24541400.215515336X-RAY DIFFRACTION99
3.5129-3.65350.28451370.204915401X-RAY DIFFRACTION100
3.6535-3.81970.24281370.193315423X-RAY DIFFRACTION100
3.8197-4.0210.21151380.175215455X-RAY DIFFRACTION100
4.021-4.27280.18561350.161615437X-RAY DIFFRACTION100
4.2728-4.60250.17991390.149715467X-RAY DIFFRACTION100
4.6025-5.06530.20171400.148915545X-RAY DIFFRACTION100
5.0653-5.79720.18641390.165315602X-RAY DIFFRACTION100
5.7972-7.30010.21361410.175815619X-RAY DIFFRACTION100
7.3001-49.27670.16871400.15715828X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る