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- PDB-4g6w: Human Thymidylate Synthase M190K with bound 4-Bromobenzene-1,2,3-triol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g6w
タイトルHuman Thymidylate Synthase M190K with bound 4-Bromobenzene-1,2,3-triol
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / folic acid binding / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / response to ethanol / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-bromobenzene-1,2,3-triol / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Celeste, L.R. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2012
タイトル: Oxidation of Cysteine 195 of Huyman Thymidylate Synthase by Purpurogallin
著者: Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2012年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2664
ポリマ－35,8691
非ポリマー3973
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

X: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5328
ポリマ－71,7382
非ポリマー7946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area4070 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.846, 95.846, 80.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-600-

PBX

21X-600-

PBX

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase


分子量: 35869.035 Da / 分子数: 1 / 変異: M190K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: tyms, ts, ok/sw-cl.29 / プラスミド: pTSO80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX61- / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PBX / 4-bromobenzene-1,2,3-triol / 4-ブロモピロガロ-ル


分子量: 205.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5BrO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris pH 7.5-8.5, 20 mM BME, 25-42% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 19433 / Num. obs: 19433 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EHI

3ehi


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.2251 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8034 / SU B: 0.006 / SU ML: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.1891 / SU Rfree: 0.2249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 933 5.1 %RANDOM
Rwork0.2215 ---
all0.2236 19429 --
obs0.2236 18295 94.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.03 Å2 / Biso mean: 48.2932 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å2-0.89 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 20 67 2222
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 70 -
Rwork0.282 1261 -
all-1331 -
obs--94.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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