PDB-4g51: Crystallographic analysis of the interaction of nitric oxide with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g51

タイトル

Crystallographic analysis of the interaction of nitric oxide with hemoglobin from Trematomus bernacchii in the T quaternary structure (fully ligated state).

要素

Hemoglobin subunit alpha
Hemoglobin subunit beta

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / All alpha proteins / oxygen transporter / N-terminal acetylated serine

機能・相同性

機能・相同性情報

haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trematomus bernacchii (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Merlino, A. / Balsamo, A. / Pica, A. / Mazzarella, L. / Vergara, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Selective X-ray-induced NO photodissociation in haemoglobin crystals: evidence from a Raman-assisted crystallographic study.
著者: Merlino, A. / Fuchs, M.R. / Pica, A. / Balsamo, A. / Dworkowski, F.S. / Pompidor, G. / Mazzarella, L. / Vergara, A.

履歴

登録	2012年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_reflns_twin / struct_conn Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g51.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g51.ent.gz	101.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g51_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g51_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4g51_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	4g51_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/4g51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3nfe-d 1nih-d 3gqg-d 3d1k-1 1y35-d 1y0c-d 1y0t-d 1y4b-d 1hbh-d 1xzu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (5) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (4) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (4)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (4)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (5)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (4)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Hemoglobin subunit alpha

B: Hemoglobin subunit beta

C: Hemoglobin subunit alpha

D: Hemoglobin subunit beta

ヘテロ分子

66.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.002, 94.672, 61.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain 分子量: 15683.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80043
#2: タンパク質	Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain 分子量: 16153.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80044
#3: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide 分子量: 30.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 6.2 詳細: deoxy-HbTb 8-9.5 mg/ml mixed with equal amount of 7-12 % w/v PEG 6000, PBS 100 mM, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1	1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
merohedral	1	1	H,K,L	1	0.398
merohedral	1	1	L,-K,H	2	0.507
merohedral	1	1	-h,-k,l	3	0.046
merohedral	1	1	L,K,-H	4	0.049

反射

解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 26655 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 15.6 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.073

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / % possible all: 56.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
X-PLOR		位相決定
SHELXL-97		精密化

精密化

解像度: 2.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5

	R_factor	反射数
R_free	0.249	1095
R_work	0.181	-
obs	0.181	21249
all	-	21249

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4482	0	180	63	4725

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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