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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g3p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GlmU from Mycobacterium tuberculosis Snapshot 3 | ||||||
![]() | Bifunctional protein GlmU | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / BIFUNCTIONAL / PYROPHOSPHORYLASE / ROSSMANN-LIKE FOLD / LEFT-HANDED-BETA-HELIX / CELL SHAPE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() uridylyltransferase activity / adhesion of symbiont to host cell / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / entry of bacterium into host cell / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process ...uridylyltransferase activity / adhesion of symbiont to host cell / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / entry of bacterium into host cell / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell morphogenesis / cell wall organization / regulation of cell shape / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jagtap, P.A. / Verma, S.K. / Prakash, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Snapshots of Glmu from Mycobacterium Tuberculosis 著者: Jagtap, P.A. / Verma, S.K. / Prakash, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 838.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 848.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 52466.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: glmU, MT1046, Rv1018c / プラスミド: PQEII / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P96382, UniProt: P9WMN3*PLUS, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 204分子 ![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/UD1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/UD1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-POP / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-UD1 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG 8000, 150MM NACL, 5% GLYCEROL, 1,3-BUTANEDIOL,AMPPNP, MGCL2,0.1M HEPES, COCL2, DTT, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 277K, vapor diffusion |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→19.86 Å / Num. obs: 22217 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.53 Å / 冗長度: 5.76 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Rsym value: 0.573 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DJ4 解像度: 2.47→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.207 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.47→19.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.47→2.53 Å / Total num. of bins used: 20
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