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万見
- PDB-4g3o: Crystal structure of the CUE domain of the E3 ubiquitin ligase AM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3o
タイトルCrystal structure of the CUE domain of the E3 ubiquitin ligase AMFR (gp78)
要素E3 ubiquitin-protein ligase AMFR
キーワードLIGASE / all-helical structure / BAG6
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of SREBP signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / endoplasmic reticulum mannose trimming / protein K27-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum quality control compartment / BAT3 complex binding / Derlin-1 retrotranslocation complex / non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin-specific protease binding ...regulation of SREBP signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / endoplasmic reticulum mannose trimming / protein K27-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum quality control compartment / BAT3 complex binding / Derlin-1 retrotranslocation complex / non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin-specific protease binding / ER Quality Control Compartment (ERQC) / ubiquitin ligase complex / protein K48-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / protein autoubiquitination / ERAD pathway / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / ubiquitin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / signaling receptor activity / protein-folding chaperone binding / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase AMFR, Ube2g2-binding region / E3 gp78 Ube2g2-binding region (G2BR) / CUE domain / Domain that may be involved in binding ubiquitin-conjugating enzymes (UBCs) / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / Ring finger domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ring finger ...E3 ubiquitin-protein ligase AMFR, Ube2g2-binding region / E3 gp78 Ube2g2-binding region (G2BR) / CUE domain / Domain that may be involved in binding ubiquitin-conjugating enzymes (UBCs) / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / Ring finger domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase AMFR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kozlov, G. / LePage, K. / Gehring, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CUE domain of the E3 ubiquitin ligase AMFR (gp78)
著者: Kozlov, G. / LePage, K. / Gehring, K.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase AMFR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6581
ポリマ－6,6581
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.396, 55.396, 30.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase AMFR / Autocrine motility factor receptor / isoform 2 / AMF receptor / isoform 2 / RING finger protein 45 / gp78


分子量: 6657.504 Da / 分子数: 1 / 断片: CUE domain (unp residues 456-498) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMFR, RNF45 / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9UKV5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.056 M sodium phosphate, 1.344 M potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 6932 / Num. obs: 6929 / % possible obs: 0.9996 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 55.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 503 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ejs

2ejs


解像度: 1.6→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.361 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18626 339 4.7 %RANDOM
Rwork0.15872 ---
all0.161 6932 --
obs0.16001 6929 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数432 0 0 53 485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.091.957595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.72552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19725.225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9031577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.325153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0970.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.5271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0352427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8373183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9714.5168
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 30 -
Rwork0.158 503 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6699-0.74520.77666.6507-4.39695.8780.021-0.01910.16320.01790.15360.2375-0.3169-0.3591-0.17460.04490.0040.01590.0396-0.02250.0321-21.443127.63590.1639
22.40380.27611.76362.4805-0.51793.23810.0502-0.174-0.16340.1268-0.0039-0.02280.0948-0.1085-0.04630.0363-0.01840.00260.04710.00060.0385-13.541517.78312.8629
30.7526-0.85050.21476.3757-2.25381.3333-0.01230.1036-0.0707-0.1480.06920.08710.1133-0.0477-0.05690.0524-0.0226-0.00620.0382-0.00620.035-20.17314.8658-3.9113
418.49994.7836-9.12098.2746-0.049311.3515-0.08180.24760.6158-0.65260.2913-0.6344-0.35090.2214-0.20950.0379-0.00970.0485-0.0302-0.01710.1051-13.77188.4935-3.5707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A446 - 465
2X-RAY DIFFRACTION2A466 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3A482 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4A494 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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