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万見
- PDB-4g2p: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g2p
タイトルCrystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain II of molecular chaperone SurA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S
要素Chaperone SurA
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PCSEP / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of stationary phase / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptide binding / unfolded protein binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl isomerase SurA / SurA N-terminal / SurA N-terminal domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 ...Peptidyl-prolyl isomerase SurA / SurA N-terminal / SurA N-terminal domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone SurA / Chaperone SurA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Chang, C. / Wu, R. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain II of molecular chaperone SurA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S
著者: Chang, C. / Wu, R. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone SurA
B: Chaperone SurA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4236
ポリマ－24,0472
非ポリマー3764
水3,351186
1
A: Chaperone SurA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3044
ポリマ－12,0231
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chaperone SurA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1192
ポリマ－12,0231
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.499, 39.611, 68.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone SurA / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA / Rotamase SurA


分子量: 12023.388 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 280-386 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 遺伝子: surA, STM14_0111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D0ZJR9, UniProt: A0A0F6AWM7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 20735 / Num. obs: 20486 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 930 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M5Y

1m5y


解像度: 1.82→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.575 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 1052 5.1 %RANDOM
Rwork0.1612 ---
all0.1652 20476 --
obs0.1652 20476 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.32 Å2 / Biso mean: 39.0817 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å2-5.04 Å2
2---3.99 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1660 0 22 186 1868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.9582377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4355222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56124.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03915294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.435158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211312
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.57231751
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.799572
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.61751827
LS精密化 シェル解像度: 1.821→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 84 -
Rwork0.197 1239 -
all-1323 -
obs-1323 88.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16320.0599-0.05630.0245-0.02190.02010.00540.01640.0048-0.0071-0.00230.00560.0046-0.0031-0.00310.0757-0.0001-0.00830.0620.00480.073514.47234.777210.5513
21.1072-0.3833-0.65861.4169-1.0291.62240.01670.08130.0038-0.1061-0.01180.0040.0948-0.0613-0.00490.0859-0.0083-0.01510.0846-0.00810.07462.5767-0.8899-9.475
30.6054-0.13230.06880.0626-0.22131.27480.02560.0017-0.0157-0.0038-0.00310.0050.0080.0214-0.02250.07460.0032-0.00850.0776-0.01070.09764.3208-11.53752.3914
40.28830.2504-0.15461.59290.04240.10560.0064-0.0052-0.00250.0006-0.0025-0.0302-0.00670.0029-0.00390.0809-0.0025-0.01120.0871-0.00060.080715.0064-6.0591-0.5132
51.0720.3105-0.50894.9574.44454.6401-0.03640.01220.0462-0.09150.1434-0.0295-0.03920.1712-0.10690.07610.0156-0.01010.0875-0.01960.061519.7129-2.57954.7245
62.9861-2.04961.21551.4165-0.82310.66480.05820.04350.0217-0.011-0.0333-0.02130.0235-0.0112-0.02490.0839-0.012-0.01070.07330.00250.051914.45939.659610.0018
73.2621-1.88711.60391.0966-0.92760.7891-0.1124-0.10950.15220.04380.0419-0.0874-0.0494-0.05930.07050.07280.02040.01620.0909-0.03280.07947.28767.881710.4043
80.4151-0.21740.44230.1172-0.23720.48160.0096-0.0042-0.02130.00670.01040.0144-0.0107-0.0203-0.020.063-0.0024-0.00140.0788-0.00980.07558.50172.02099.5274
94.8691-1.3756.24230.3888-1.76298.0027-0.10980.87090.40670.0042-0.3318-0.1171-0.03571.11740.44160.06080.03610.03340.20610.09030.138830.552-3.9915-17.8193
100.04890.0141-0.05540.00940.04680.8357-0.0597-0.0178-0.0125-0.0276-0.0188-0.0028-0.0736-0.13430.07860.11140.0216-0.01430.08930.0050.09327.10128.3586-22.2993
111.58671.39590.47581.6553-0.06840.6983-0.0114-0.02940.02070.02650.03270.043-0.0494-0.0716-0.02130.05640.0031-0.00240.06580.00650.07062.613113.4463-31.2774
120.8091-0.19510.56210.1834-0.5331.5626-0.02580.00770.0190.0333-0.0039-0.0198-0.06570.00360.02970.1150.0025-0.03750.0356-0.00180.068111.978821.7211-24.8289
130.12050.03820.46830.01290.1531.8482-0.0203-0.03810.0006-0.00470.0036-0.0003-0.0821-0.12890.01670.07280.0105-0.01270.07680.00890.08926.050912.9044-16.7631
140.1789-0.13180.34110.0978-0.25280.6537-0.09170.03840.05580.0659-0.0243-0.0457-0.170.06130.1160.0662-0.0078-0.01010.0725-0.00280.071418.48126.5326-15.7784
150.28690.3913-0.39310.6931-0.28520.9989-0.0115-0.0158-0.01290.011-0.0368-0.04010.02970.01860.04830.06580.0003-0.01440.0740.00550.083416.8656-0.3759-25.0629
160.533-0.02020.22020.00240.01070.33330.00220.0111-0.0101-0.0028-0.00290.0014-0.03460.00910.00080.07550.0028-0.01180.07350.00260.073217.13567.1853-25.9383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2A294 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3A307 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4A320 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5A335 - 342
6X-RAY DIFFRACTION6A343 - 352
7X-RAY DIFFRACTION7A353 - 358
8X-RAY DIFFRACTION8A359 - 386
9X-RAY DIFFRACTION9B279 - 284
10X-RAY DIFFRACTION10B285 - 297
11X-RAY DIFFRACTION11B298 - 313
12X-RAY DIFFRACTION12B314 - 324
13X-RAY DIFFRACTION13B325 - 336
14X-RAY DIFFRACTION14B337 - 346
15X-RAY DIFFRACTION15B347 - 358
16X-RAY DIFFRACTION16B359 - 386

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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