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Yorodumi- PDB-4g2p: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g2p | ||||||
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Title | Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain II of molecular chaperone SurA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S | ||||||
Components | Chaperone SurA | ||||||
Keywords | ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PCSEP / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of stationary phase / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptide binding / unfolded protein binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Wu, R. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain II of molecular chaperone SurA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S Authors: Chang, C. / Wu, R. / Adkins, J.N. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g2p.cif.gz | 110.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g2p.ent.gz | 85.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g2p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1m5yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12023.388 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 280-386 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (bacteria) Strain: 14028s / SGSC 2262 / Gene: surA, STM14_0111 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: D0ZJR9, UniProt: A0A0F6AWM7*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→50 Å / Num. all: 20735 / Num. obs: 20486 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 34.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 930 / % possible all: 90.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1M5Y Resolution: 1.82→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.575 / SU ML: 0.117 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.139 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.32 Å2 / Biso mean: 39.0817 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.821→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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