PDB-4g2n: Crystal structure of putative D-isomer specific 2-hydroxyacid deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g2n

タイトル

Crystal structure of putative D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding from Polaromonas sp. JS6 66

要素

D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding from Polaromonas sp. JS6 66
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2012年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g2n.cif.gz	508.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g2n.ent.gz	418 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7bu0-d 2cuk-d 2vye-d 5wb8-d 5wy1-d 6mf0-2 6pqb-d 5gty-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-014285

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

C: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

D: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

C: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

D: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.431, 68.158, 77.369
Angle α, β, γ (deg.)	96.930, 90.680, 94.380
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding 分子量: 38157.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア) 株: JS6 66 / 遺伝子: Bpro_5114 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q120R1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M LiCl, 0.1M Tris:HCl, pH 8.5, 32% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 1.9 % / Av σ(I) over netI: 16.32 / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.41 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 266267 / % possible obs: 94.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.61	50	92.8	1	0.037	3.134	1.9
3.66	4.61	93.7	1	0.037	2.718	1.8
3.2	3.66	96.2	1	0.041	2.4	1.9
2.91	3.2	96.9	1	0.046	2.014	1.9
2.7	2.91	97	1	0.055	1.668	1.9
2.54	2.7	96.8	1	0.065	1.549	1.9
2.41	2.54	96.8	1	0.076	1.419	1.9
2.31	2.41	96.5	1	0.09	1.311	1.9
2.22	2.31	96.3	1	0.108	1.319	1.9
2.14	2.22	96.2	1	0.132	1.191	1.9
2.07	2.14	96.2	1	0.158	1.14	1.9
2.02	2.07	96	1	0.19	1.062	1.9
1.96	2.02	96.1	1	0.244	0.981	1.9
1.91	1.96	95.9	1	0.302	0.926	1.9
1.87	1.91	95.6	1	0.399	0.92	1.9
1.83	1.87	95.7	1	0.501	0.846	1.9
1.79	1.83	95.5	1	0.597	0.851	1.9
1.76	1.79	94.2	1	0.661	0.802	1.8
1.73	1.76	90.7	1	0.738	0.779	1.7
1.7	1.73	77.8	1	0.783	0.773	1.6

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 266267 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.406 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	1.6	0.783	10915	0.773	1	77.8
1.73-1.76	1.7	0.738	12887	0.779	1	90.7
1.76-1.79	1.8	0.661	13204	0.802	1	94.2
1.79-1.83	1.9	0.597	13386	0.851	1	95.5
1.83-1.87	1.9	0.501	13445	0.846	1	95.7
1.87-1.91	1.9	0.399	13444	0.92	1	95.6
1.91-1.96	1.9	0.302	13429	0.926	1	95.9
1.96-2.02	1.9	0.244	13589	0.981	1	96.1
2.02-2.07	1.9	0.19	13475	1.062	1	96
2.07-2.14	1.9	0.158	13580	1.14	1	96.2
2.14-2.22	1.9	0.132	13479	1.191	1	96.2
2.22-2.31	1.9	0.108	13549	1.319	1	96.3
2.31-2.41	1.9	0.09	13654	1.311	1	96.5
2.41-2.54	1.9	0.076	13611	1.419	1	96.8
2.54-2.7	1.9	0.065	13578	1.549	1	96.8
2.7-2.91	1.9	0.055	13636	1.668	1	97
2.91-3.2	1.9	0.046	13664	2.014	1	96.9
3.2-3.66	1.9	0.041	13473	2.4	1	96.2
3.66-4.61	1.8	0.037	13215	2.718	1	93.7
4.61-50	1.9	0.037	13054	3.134	1	92.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.2132 / WR_factor R_work: 0.1869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8373 / SU B: 5.497 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1181 / SU R_free: 0.1104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2176	6801	5 %	RANDOM
R_work	0.1899	-	-	-
obs	0.1913	135460	96.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.11 Å² / B_iso mean: 34.3086 Å² / B_iso min: 16.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.11 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9758	0	38	927	10723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	10020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.976	13587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.071	5	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.916	22.483	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.379	15	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.268	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7557

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	430	-
R_work	0.339	8278	-
all	-	8708	-
obs	-	-	84.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4435	-0.3835	0.0847	0.7975	-0.0565	0.0751	-0.0139	-0.0615	-0.0688	0.024	0.0548	0.1175	-0.0102	-0.0079	-0.0409	0.0302	-0.0145	0.0005	0.045	0.023	0.0408	-7.8295	3.0101	45.0172
2	0.9059	-0.458	-0.1674	0.5501	0.6398	1.0082	0.0515	0.0717	0.0324	-0.1304	-0.0703	0.0044	-0.1705	-0.1058	0.0188	0.1956	-0.0387	0.0527	0.1259	0.0534	0.0773	-27.2329	15.1371	85.0693
3	0.841	-0.5986	0.0383	0.7819	-0.1154	0.2341	-0.0056	0.0306	0.0965	0.0101	0.0061	-0.1227	-0.0079	0.0167	-0.0005	0.0153	-0.0209	-0.0114	0.0362	0.0066	0.0391	20.2457	-15.9367	42.9399
4	0.2889	-0.3113	-0.3198	0.6085	0.4296	1.3423	0.048	-0.0839	0.0786	0.0406	0.0987	-0.0747	0.0341	0.3891	-0.1467	0.114	-0.0329	0.0152	0.1844	-0.017	0.0399	1.3151	-2.9239	83.1326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 324
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 324
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 323

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)