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- PDB-4fz4: Crystal structure of HP0197-18kd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fz4
タイトルCrystal structure of HP0197-18kd
要素Uncharacterized protein conserved in bacteria
キーワードIMMUNE SYSTEM / surface antigen
機能・相同性Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #130 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / NITRATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Yuan, Z. / Yan, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism by which surface antigen HP0197 mediates host cell attachment in the pathogenic bacteria Streptococcus suis
著者: Yuan, Z.Z. / Yan, X.J. / Zhang, A.D. / Chen, B. / Shen, Y.Q. / Jin, M.L.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein conserved in bacteria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1574
ポリマ－18,0241
非ポリマー1333
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.235, 87.601, 38.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein conserved in bacteria / 0197-18kd


分子量: 18024.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 51-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: 98HAH33 / 遺伝子: SSU98_0197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4VZ16
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.4M NaNO3 , pH 7.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 7687 / Num. obs: 6551 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.44→18.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 850665.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 336 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.263 7687 --
obs0.222 6551 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.4455 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20 Å2
2--4.73 Å20 Å2
3----3.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→18.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 6 31 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 56 5.3 %
Rwork0.273 993 -
obs--96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4no3.paramno3.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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