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- PDB-4fz2: Crystal structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fz2
タイトルCrystal structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease from Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2
要素tRNA intron endonuclease
キーワードHYDROLASE / tRNA splicing endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA intron endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Micrarchaeum acidiphilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.252 Å
データ登録者Hirata, A. / Fujishima, K. / Yamagami, R. / Kawamura, T. / Banfiled, J.F. / Kanai, A. / Hori, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: X-ray structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease: insights into the evolution of a novel three-unit composition and a unique loop involved in broad substrate specificity
著者: Hirata, A. / Fujishima, K. / Yamagami, R. / Kawamura, T. / Banfield, J.F. / Kanai, A. / Hori, H.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA intron endonuclease
B: tRNA intron endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7652
ポリマ－91,7652
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.021, 112.021, 81.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 tRNA intron endonuclease


分子量: 45882.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Micrarchaeum acidiphilum (古細菌)
株: ARMAN-2 / 遺伝子: UNLARM2_0797 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: C7DIA5, EC: 3.1.27.9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M tri-ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 53752 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 39.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 49.2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(autosol)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.252→37.405 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7794 / SU ML: 1.79 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 2523 5.07 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2195 49748 92.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.545 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.61 Å2 / Biso mean: 48.8894 Å2 / Biso min: 23.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5473 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.5473 Å20 Å2
3----15.0946 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.252→37.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6304 0 0 152 6456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9798676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2662398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2524-2.29570.35281440.29552323246784
2.2957-2.34260.31071070.26152455256284
2.3426-2.39350.31281510.25652383253484
2.3935-2.44920.32161370.26472418255586
2.4492-2.51040.34921540.25832483263788
2.5104-2.57820.34841360.26462456259288
2.5782-2.65410.2811260.25172603272991
2.6541-2.73970.2951300.24212553268389
2.7397-2.83760.31251290.2472592272191
2.8376-2.95120.32221340.24572621275592
2.9512-3.08540.27921520.24892697284995
3.0854-3.2480.28821230.24282768289197
3.248-3.45140.28941610.23572829299099
3.4514-3.71770.2361460.20062813295999
3.7177-4.09140.22791470.19162801294899
4.0914-4.68240.19681410.16982829297099
4.6824-5.89560.19091640.18022804296899
5.8956-37.41010.23211410.18912797293898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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