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万見
- PDB-4fys: Human aminopeptidase N (CD13) in complex with angiotensin IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fys
タイトルHuman aminopeptidase N (CD13) in complex with angiotensin IV
要素
  • Aminopeptidase N
  • Angiotensin IV
キーワードHYDROLASE/HORMONE / metalloprotease / HYDROLASE-HORMONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / : / membrane alanyl aminopeptidase ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / : / membrane alanyl aminopeptidase / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renal system process / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / vasoconstriction / positive regulation of CoA-transferase activity / type 1 angiotensin receptor binding / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to angiotensin / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / peptide catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / metalloaminopeptidase activity / positive regulation of gap junction assembly / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / blood vessel remodeling / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / aminopeptidase activity / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule membrane / positive regulation of miRNA transcription / peptide binding / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / growth factor activity / hormone activity / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of inflammatory response / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / virus receptor activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell differentiation / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / : / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Zincin-like fold - #20 / Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / : / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensinogen / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wong, A.H. / Rini, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The X-ray Crystal Structure of Human Aminopeptidase N Reveals a Novel Dimer and the Basis for Peptide Processing.
著者: Wong, A.H. / Zhou, D. / Rini, J.M.
履歴
登録2012年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
C: Angiotensin IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,20020
ポリマ－104,0272
非ポリマー3,17418
水15,763875
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area33960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.907, 157.907, 115.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1955-

HOH

21A-1964-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / AP-N / hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid ...AP-N / hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid plasma membrane glycoprotein CD13 / gp150


分子量: 103250.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-967 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANPEP, APN, CD13, PEPN / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15144, membrane alanyl aminopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド Angiotensin IV / Serpin A8 / Angiotensin-1 / Angiotensin I / Ang I / Angiotensin-2 / Angiotensin II / Ang II / ...Serpin A8 / Angiotensin-1 / Angiotensin I / Ang I / Angiotensin-2 / Angiotensin II / Ang II / Angiotensin-3 / Angiotensin III / Ang III / Des-Asp[1]-angiotensin II


分子量: 775.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01019

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糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 886分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 103185 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.038.10.348199
2.03-2.078.10.318199.4
2.07-2.118.10.286199.3
2.11-2.1580.258198.7
2.15-2.27.90.237199
2.2-2.257.90.227199.1
2.25-2.317.90.212198.6
2.31-2.377.70.2198.5
2.37-2.447.70.196198.2
2.44-2.527.60.184197.8
2.52-2.617.50.173197.2
2.61-2.717.40.155196.4
2.71-2.847.20.138196.5
2.84-2.997.20.126196.1
2.99-3.177.10.124195.2
3.17-3.4270.129194.6
3.42-3.766.50.11193.5
3.76-4.316.10.085190.1
4.31-5.426.20.067190.6
5.42-357.50.054190.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→27.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.502 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19791 5176 5 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.16997 97957 95.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7344 0 192 875 8411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.96610656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1565922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59224.541381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.452151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5531542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.015→2.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 365 -
Rwork0.192 6814 -
obs--90.83 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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