[日本語] English
万見
- PDB-4fyg: Structural basis for substrate recognition by a novel Legionella ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fyg
タイトルStructural basis for substrate recognition by a novel Legionella phosphoinositide phosphatase
要素SidF, inhibitor of growth family, member 3
キーワードHYDROLASE / mixed alpha-beta / phosphoinositide phosphatase / phosphoinositides / membrane
機能・相同性: / Phosphoinositide phosphatase / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / membrane / Chem-3PT / SidF, inhibitor of growth family, member 3
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.822 Å
データ登録者Hsu, F.S. / Zhu, W. / Brennan, L. / Tao, L. / Luo, Z.Q. / Mao, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a unique Legionella phosphoinositide phosphatase.
著者: Hsu, F. / Zhu, W. / Brennan, L. / Tao, L. / Luo, Z.Q. / Mao, Y.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SidF, inhibitor of growth family, member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8262
ポリマ－86,1911
非ポリマー6341
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.230, 114.833, 124.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 SidF, inhibitor of growth family, member 3


分子量: 86191.359 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal phosphatase domain of SidF (UNP Residues 1-760)
変異: C645S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2584, sidF / プラスミド: Pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5ZSD5, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-3PT / (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate


分子量: 634.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33O19P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH8.0, 10% PEG3350, and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Single crystal bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. all: 301119 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2.82→2.9 Å / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4FYF

4fyf


解像度: 2.822→36.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 30.281 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 1246 5.1 %RANDOM
Rwork0.17907 ---
obs0.18279 22955 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.92 Å20 Å20 Å2
2---4.77 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.822→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5923 0 39 6 5968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.026067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9538179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4615742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88925.382314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.045151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3121533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214609
LS精密化 シェル解像度: 2.822→2.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 74 -
Rwork0.274 1164 -
obs--71.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.5584 Å / Origin y: 45.7343 Å / Origin z: 21.9739 Å
111213212223313233
T0.0833 Å2-0.072 Å20.0428 Å2-0.1086 Å2-0.0476 Å2--0.0429 Å2
L1.1072 °2-0.5332 °2-0.4577 °2-2.6096 °20.7847 °2--1.4611 °2
S0.1657 Å °-0.2106 Å °0.1938 Å °-0.2138 Å °-0.0142 Å °-0.0664 Å °-0.1387 Å °-0.0026 Å °-0.1515 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る