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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fy0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LeuT-F253A bound to L-selenomethionine from lipid bicelles | ||||||
要素 | Transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / amino acid transporter | ||||||
機能・相同性 | nitrogen compound transport / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / SELENOMETHIONINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2012 タイトル: Substrate binds in the S1 site of the F253A mutant of LeuT, a neurotransmitter sodium symporter homologue. 著者: Wang, H. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fy0.cif.gz | 109.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fy0.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fy0_validation.pdf.gz | 440.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fy0_full_validation.pdf.gz | 445.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fy0_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fy0_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fy0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57376.586 Da / 分子数: 1 / 変異: A253F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854 | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MSE / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 100 mM NaAc, 36% MPD, 10%PEG, 50 mM MgCl2, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月5日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 86603 / Num. obs: 17520 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→29.931 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.249 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.931 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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