PDB-4fxv: Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fxv

タイトル

Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution

要素

ELAV-like protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / RNA recognition motif / putative RNA-binding domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for T-Cell Biology / TCELL

機能・相同性

機能・相同性情報

HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology

履歴

登録	2012年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn / software / Item: _software.classification / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fxv.cif.gz	147.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fxv.ent.gz	122.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fxv_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fxv_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	4fxv_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4fxv_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4f2f-d 5aeo-2 2wa9-7 1j6q-d 4xdx-d 1oax-4 2mkw-d 2fo3-d 2nmm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-422502

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: JCSG-422502

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ELAV-like protein 1

B: ELAV-like protein 1

C: ELAV-like protein 1

D: ELAV-like protein 1

45.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ELAV-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ELAV-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ELAV-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ELAV-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.436, 73.436, 272.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-102- HOH

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGEST THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	ELAV-like protein 1 / Hu-antigen R / HuR 分子量: 11291.405 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM 1 domain residues 20-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BC003376, ELAVL1, HUR / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q15717
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (RESIDUES 20-99) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 % 解説: THE DATA COLLECTION STATISTICS IN REMARK 200 ABOVE ARE BEFORE THE REJECTION OF 309 UNUSUALLY STRONG REFLECTIONS WITH I/ > 15, MOSTLY NEAR ICE RINGS AT RESOLUTION 2.25A, 2.24A 3.46A AND 2.64A, ...解説: THE DATA COLLECTION STATISTICS IN REMARK 200 ABOVE ARE BEFORE THE REJECTION OF 309 UNUSUALLY STRONG REFLECTIONS WITH I/ > 15, MOSTLY NEAR ICE RINGS AT RESOLUTION 2.25A, 2.24A 3.46A AND 2.64A, WHICH WERE EXCLUDED FROM THE FINAL REFINEMENT.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
解説: THE DATA COLLECTION STATISTICS IN REMARK 200 ABOVE ARE BEFORE THE REJECTION OF 309 UNUSUALLY STRONG REFLECTIONS WITH I/ > 15, MOSTLY NEAR ICE RINGS AT RESOLUTION 2.25A, 2.24A 3.46A AND 2.64A, ...

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97923

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月15日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97923 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→28.823 Å / Num. all: 34829 / Num. obs: 34829 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.877 Å² / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.14 / R_sym value: 0.132 / Net I/av σ(I): 3.328 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 352640

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.9-1.95	6.9	0.525	0.482	2.6	15252	2219	0.199	0.525	0.482	2.6	87.4
1.95-2	9	0.523	0.493	3.8	22180	2470	0.17	0.523	0.493	3.8	99.3
2-2.06	10.8	0.432	0.412	5.2	26251	2429	0.13	0.432	0.412	5.2	100
2.06-2.12	10.8	0.351	0.334	6.3	25711	2371	0.105	0.351	0.334	6.3	100
2.12-2.19	10.8	0.324	0.309	6.8	24755	2289	0.097	0.324	0.309	6.8	100
2.19-2.27	9	0.314	0.292	5.9	16761	1860	0.11	0.314	0.292	5.9	84.3
2.27-2.36	10.8	0.25	0.238	8.2	23539	2188	0.075	0.25	0.238	8.2	100
2.36-2.45	10.8	0.195	0.186	10.1	22448	2085	0.059	0.195	0.186	10.1	100
2.45-2.56	10.8	0.169	0.161	11.2	21402	1982	0.051	0.169	0.161	11.2	100
2.56-2.69	10.8	0.158	0.15	12	20727	1922	0.048	0.158	0.15	12	100
2.69-2.83	10.7	0.133	0.127	13.8	19812	1850	0.041	0.133	0.127	13.8	100
2.83-3	10.8	0.115	0.11	15.6	18598	1730	0.035	0.115	0.11	15.6	100
3-3.21	10.6	0.11	0.104	16.8	17616	1662	0.033	0.11	0.104	16.8	100
3.21-3.47	10.5	0.106	0.1	18.8	16293	1547	0.032	0.106	0.1	18.8	100
3.47-3.8	9.8	0.122	0.116	19.1	13663	1390	0.039	0.122	0.116	19.1	97.7
3.8-4.25	10.3	0.085	0.08	21.1	13571	1324	0.026	0.085	0.08	21.1	100
4.25-4.91	10.2	0.076	0.073	21.9	12084	1182	0.023	0.076	0.073	21.9	100
4.91-6.01	10	0.082	0.078	20.8	10128	1016	0.026	0.082	0.078	20.8	100
6.01-8.5	9.6	0.074	0.071	20.5	7845	821	0.023	0.074	0.071	20.5	99.9
8.5-28.823	8.1	0.062	0.058	20.4	4004	492	0.02	0.062	0.058	20.4	95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.823 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.094 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.141
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...
R_factor 反射数 %反射 Selection details
R_free 0.2349 1684 5.1 % RANDOM
R_work 0.2015 31587 - -
obs 0.2032 33271 93.59 % -

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.5626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	0	317	2809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	1.963	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.051	3	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.794	5	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.347	23.81	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.312	15	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.459	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.663	89	-
R_work	0.664	1645	-
all	-	1734	-
obs	-	-	73.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5458	0.6017	0.8206	4.9835	1.0567	5.9605	0.0346	-0.195	-0.0513	0.2046	-0.0325	-0.0105	0.1094	-0.0009	-0.0021	0.1117	-0.0027	-0.0308	0.0113	0.0053	0.0335	-9.8406	49.1624	6.5886
2	1.9562	0.3744	0.4532	4.9705	1.6144	5.5439	-0.0148	0.0071	-0.0206	-0.0023	0.0733	0.1948	0.4383	-0.0364	-0.0584	0.1941	0.0182	-0.0435	0.0282	0.0099	0.0969	-9.3326	51.9712	31.9972
3	4.3953	-1.2764	-0.785	4.4061	0.6114	4.4323	0.0598	-0.0819	-0.0858	0.0126	0.013	-0.0494	0.228	-0.0744	-0.0728	0.0705	-0.0099	0.0087	0.0082	-0.0067	0.0268	-11.1332	72.7015	13.6955
4	4.6452	-0.1718	-0.3315	5.0658	0.7855	4.0144	0.0692	-0.1746	-0.0306	0.2441	0.1332	-0.522	0.3291	0.5945	-0.2023	0.1475	0.0622	-0.0553	0.1578	-0.0654	0.1747	7.0221	59.8244	40.6779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-3 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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