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- PDB-4fx9: Structure of the Pyrococcus horikoshii CoA persulfide/polysulfide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fx9
タイトルStructure of the Pyrococcus horikoshii CoA persulfide/polysulfide reductase
要素Coenzyme A disulfide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Disulfide / Persulfide / Polysulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-disulfide reductase / CoA-disulfide reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体 / protein disulfide isomerase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Coenzyme A disulphide reductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / Coenzyme A disulphide reductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H coenzyme A polysulfide/persulfide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Herwald, S. / Lopez, K.M. / Crane III, E.J. / Sazinsky, M.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure and substrate specificity of the pyrococcal coenzyme A disulfide reductases/polysulfide reductases (CoADR/Psr): implications for S(0)-based respiration and a sulfur-dependent ...タイトル: Structure and substrate specificity of the pyrococcal coenzyme A disulfide reductases/polysulfide reductases (CoADR/Psr): implications for S(0)-based respiration and a sulfur-dependent antioxidant system in Pyrococcus.
著者: Herwald, S. / Liu, A.Y. / Zhu, B.E. / Sea, K.W. / Lopez, K.M. / Sazinsky, M.H. / Crane, E.J.
履歴
登録2012年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A disulfide reductase
B: Coenzyme A disulfide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3236
ポリマ－100,2172
非ポリマー3,1064
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area34650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.544, 133.544, 305.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Coenzyme A disulfide reductase / CoA-disulfide reductase / CoADR


分子量: 50108.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0572 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58308, CoA-disulfide reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 00 mM Tris, pH 8.0, 2-3 M 1,6 hexanediol, and 200 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 27620 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CGC

3cgc


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 33.692 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.713 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30986 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.25888 ---
all0.26146 27656 --
obs0.26146 27620 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å2-1.28 Å20 Å2
2---2.55 Å20 Å2
3---3.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6697 0 202 19 6918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.09229637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9495883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41224.403268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.124151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 111 -
Rwork0.321 2017 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7248-0.1475-0.43541.43330.31171.2184-0.06110.12070.1358-0.17240.04750.0122-0.18670.05180.01350.25410.00760.00240.25350.02070.2495-67.1399-3.33-55.7387
20.1522-0.12380.00990.5224-0.1260.36910.00490.0960.1566-0.06580.0050.0702-0.2394-0.1058-0.00990.2846-0.0073-0.00580.30360.01290.324-70.835716.1131-31.0715
30.57120.0739-0.070.80250.16480.7233-0.02090.03380.0764-0.0782-0.00950.095-0.0901-0.06970.03030.17050.00470.0030.1830.00920.1821-72.3395-8.3111-38.1454
40.7247-0.4444-0.17630.3621-0.03730.66750.0178-0.08970.08520.0684-0.0184-0.0808-0.09690.10150.00060.1522-0.0019-0.00510.14330.00170.1295-56.4581-11.1669-16.9821
52.02350.0048-0.28350.4180.19831.5251-0.0003-0.2581-0.20390.2002-0.00550.09960.1282-0.07910.00570.23160.0006-0.00330.2131-0.00790.2301-46.5981-22.9133.6181
60.46510.2987-0.39770.4255-0.33360.83470.0283-0.0440.02680.0401-0.0394-0.0736-0.06880.10680.01110.23490.0092-0.01320.2418-0.00770.2513-28.7737-13.4631-8.0014
70.48860.3694-0.10790.4611-0.14180.18790.0234-0.00540.01580.0297-0.0576-0.2154-0.12470.19190.03420.2796-0.0202-0.0030.30480.00890.2954-22.0032-16.5137-22.7128
80.5397-0.18090.20990.3578-0.03690.70930.00760.05460.0276-0.0363-0.0097-0.0235-0.01630.02560.00210.1501-0.00680.00670.1592-0.01030.1689-46.8583-19.1279-27.9305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2A114 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3A234 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4A349 - 444
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6B31 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7B188 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8B264 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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