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万見
- PDB-4fx4: Crystal structure of M. tuberculosis transcriptional regulator MO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fx4
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis transcriptional regulator MOSR (Rv1049) in compex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3')
  • PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / Transcriptional repressor / DNA binding (デオキシリボ核酸) / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transcriptional regulator, MarR family, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1001 Å
データ登録者Brugarolas, P. / He, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Oxidation-sensing Regulator (MosR) Is a New Redox-dependent Transcription Factor in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Brugarolas, P. / Movahedzadeh, F. / Wang, Y. / Zhang, N. / Bartek, I.L. / Gao, Y.N. / Voskuil, M.I. / Franzblau, S.G. / He, C.
履歴
登録2012年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22012年11月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3')
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5995
ポリマ－50,5044
非ポリマー951
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11620 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.585, 146.585, 53.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量: 8908.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic DNA corresponding to the promoter sequence of Rv1049
由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#2: タンパク質 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN / Transcriptional regulator / MarR family / putative


分子量: 16343.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT1079, Rv1049 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O53397
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.4 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED DOUBLE CRYSTAL Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29.475 Å / Num. all: 7828 / Num. obs: 7799 / % possible obs: 99.62 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z9C

1z9c


解像度: 3.1001→29.475 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 360 4.62 %
Rwork0.2401 --
obs0.2419 7799 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.3 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.4923 Å20 Å20 Å2
2---13.4923 Å2-0 Å2
3---26.9847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1001→29.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 964 5 0 2965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8184373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3771227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.5480.3241220.2992470X-RAY DIFFRACTION99
3.548-4.46760.31271090.24622487X-RAY DIFFRACTION100
4.4676-29.47610.25161290.22012482X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76260.4786-1.05523.07650.06690.3827-0.11481.303-1.1545-1.14590.01990.08450.5986-0.74740.95921.0183-0.0367-0.16521.2446-0.03780.7164-6.524846.2549-27.8408
20.92650.4587-0.0371.0137-2.8445-0.86080.34150.0889-0.10850.26170.44880.56710.3827-0.15340.06671.023-0.08470.02550.84580.11371.0533-7.487725.09715.9277
31.2542-1.63640.01461.32090.80230.78760.0375-0.54070.24760.90680.07550.6999-1.46920.27750.00071.048-0.1128-0.04041.02360.16340.9055-6.013319.874617.0452
41.45641.67390.29591.43790.35980.06660.30350.5386-0.0070.16590.71941.07860.1772-0.5794-0.00080.87890.12130.02930.96340.1690.9383-5.486435.3731-5.0966
51.45960.4335-0.92960.44820.35391.88860.04510.37010.86070.01170.28050.5850.23510.09640.00091.11550.0917-0.22991.115-0.09661.134-10.555943.2964-26.1581
61.7278-1.2531-0.22782.4923-3.2574.84-0.2372-0.5255-0.54490.88760.257-0.7915-0.0485-0.1601-0.83350.56190.0538-0.18110.7526-0.02060.79676.853838.69290.5165
70.1255-0.29290.13770.5555-0.12090.16570.05590.1862-0.85441.45791.3875-1.5420.6507-0.1457-0.00180.96320.1560.15271.2645-0.29191.55274.222157.5973-13.3411
81.2021-0.81190.3850.5817-0.14870.66320.25130.08432.0473-0.9468-2.0975-0.77840.46380.0741-0.03640.6442-0.00980.04191.0364-0.03830.74493.637346.2343-14.5212
92.99370.0337-0.6933-0.0672-0.34772.18520.6983-0.75340.77830.4315-0.09860.7540.392-1.026900.70460.2079-0.18950.7442-0.00350.9202-6.37248.1667-7.442
101.0363-0.8409-0.3512.05941.56711.20370.1859-0.05362.623-0.6224-0.0095-1.9547-1.41271.18190.34681.43540.44170.17960.75050.29770.4486-3.677456.6595-12.3194
112.90491.6658-1.07851.1271.07362.14120.1038-0.6696-0.2451-0.6391-0.6983-2.0708-0.85060.453-0.02630.9653-0.0523-0.37250.59060.05420.54213.791744.2681-1.3919
123.5552-0.6205-3.58181.9032-0.46174.87530.2894-0.02480.46950.31240.1558-0.024-0.44560.21621.56450.54430.0659-0.02670.7960.0150.73438.554333.0485-11.2202
131.43551.0708-1.05432.5545-1.2570.7642-0.6061-1.06480.4581-0.0059-0.2301-0.61530.26610.7259-0.00130.7995-0.09090.07610.84150.02170.8835.369817.9602-1.6866
141.76870.0066-0.25940.2107-0.54651.18930.72221.2485-1.46750.581-0.4654-0.39570.6222-1.3672-0.02771.1154-0.18980.07780.86370.24471.4775-4.838220.0423-1.3543
152.0575-0.6521-0.93740.48240.58590.6758-0.1975-0.2735-3.45360.3268-0.65510.35930.8436-1.1963-0.4251.7301-0.2136-0.03080.38520.29222.1721-4.5459.7606-3.1272
163.1156-1.0040.10660.5026-0.1585-0.2867-0.05550.3472-0.3327-0.531-0.1976-0.32710.97720.4914-0.00160.9656-0.11470.14080.6786-0.01280.93958.574216.113-8.4124
171.024-0.71991.41421.95470.56382.6513-0.0869-0.275-0.23970.45140.0333-0.5815-0.61490.1555-0.35110.93440.2132-0.25161.0128-0.21941.198718.241430.45973.3799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resseq 4:11)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resseq 12:27)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 4:12)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resseq 13:19)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resseq 20:26)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 9:48)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 49:58)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 59:69)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 70:89)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 90:102)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 103:147)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 9:33)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 34:69)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 70:82)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 83:90)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 91:130)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 131:149)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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