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- PDB-4fv4: Crystal Structure of the ERK2 complexed with EK7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fv4
タイトルCrystal Structure of the ERK2 complexed with EK7
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / ERBB signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / phosphatase binding / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ESR-mediated signaling / thymus development / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / response to nicotine / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Oncogene Induced Senescence / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / long-term synaptic potentiation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EK7 / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Xie, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the ERK2 complexed with EK7
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. / Xie, X.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2646
ポリマ－41,5211
非ポリマー7445
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.190, 70.450, 120.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41520.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: ERK2, MAPK1, PRKM1, PRKM2 / プラスミド: pT7Blue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EK7 / 9-(dimethylamino)-2-[(3-hydroxyphenyl)amino]-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazoline-7-carbonitrile


分子量: 363.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N5OS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES buffer, pH 6.5, 26-28% PEG-MME 2000, 200 mM ammonium sulfate and 20 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55 Å / Num. obs: 12897 / % possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.153 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.570.42510771.308197
2.57-2.660.34310481.265196.4
2.66-2.750.2511091.092198.2
2.75-2.860.20610890.978198.6
2.86-2.990.18110900.965198.5
2.99-3.150.13711161198.8
3.15-3.350.10511121.043199.4
3.35-3.610.08711091.191198.9
3.61-3.970.0676271.379154.7
3.97-4.540.04311261.193199
4.54-5.720.04111601.2199.6
5.72-550.03112341.382198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→45.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9169 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.657 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 637 4.95 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
obs0.2189 12881 94.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 127.17 Å2 / Biso mean: 37.4792 Å2 / Biso min: 9.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3174 Å20 Å20 Å2
2--2.9798 Å20 Å2
3----0.6624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.361 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 47 42 2715
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1264SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes425HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2760HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3024SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2760HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3760HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.74 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 140 4.62 %
Rwork0.255 2890 -
all0.2571 3030 -
obs--94.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64340.39290.18040.3793-0.46581.4567-0.0016-0.00480.01580.00470.00960.022100.0112-0.008-0.0586-0.0103-0.02910.02990.047-0.008-12.17525.02085.8789
20.0372-0.40510.23341.3159-0.5531.27380.00620.006-0.0007-0.0040.00310.01580.00570.0114-0.00930.0016-0.00160.0427-0.06640.02170.0078-10.0192-5.851124.715
30.07930.22430.5790.89030.11710.68870.0095-0.04380.001-0.0325-0.0268-0.0050.03390.04350.01730.0023-0.03280.0367-0.0446-0.010.0063-2.4197-9.340234.8354
40.06960.3226-0.10570.2718-0.233500-0.0013-0.0039-0.0114-0.0032-0.00360.00390.00740.0032-0.0064-0.0043-0.01810.02180.0141-0.00112.08261.9693-0.1442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|7 - 106}A7 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2{A|107 - 222}A107 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3{A|223 - 329}A223 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4{A|330 - 355}A330 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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