+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fuu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a leucine aminopeptidase precursor (BT_2548) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.30 A resolution | ||||||
要素 | Leucine aminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / phosphorylase/hydrolase like fold / peptidase family M28 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a leucine aminopeptidase precursor (BT_2548) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.30 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fuu.cif.gz | 142.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4fuu.ent.gz | 112.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fuu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fuu_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4fuu_full_validation.pdf.gz | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fuu_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fuu_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fuu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | PACKING ANALYSIS SUGGEST THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34590.254 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-331 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2548 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q8A4P9 |
---|
-非ポリマー , 5種, 335分子
#2: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-331) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-331) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.200M ammonium dihydrogen phosphate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537,0.9796,0.9793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→27.993 Å / Num. all: 64313 / Num. obs: 64313 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 12.234 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→27.993 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.PHOSPHATE (PO4) FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. THE MODELING OF ZINC IS SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE SCANS. THE OCCUPANCY OF THE ZN ATOM WAS REDUCED TO 0.5 FOR ITS REDUCED SCATTERING INDICATED BY ELECTRON DENSITY MAPS. 6. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) WAS MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.53 Å2 / Biso mean: 17.9771 Å2 / Biso min: 6.54 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.993 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
|