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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fuq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo MatB from Rhodopseudomonas palustris | ||||||
![]() | Malonyl CoA synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / ANL superfamily / methylmalonyl-CoA synthetase / CoA / methylmalonate / malonate | ||||||
機能・相同性 | ![]() 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rank, K.C. / Crosby, H.A. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Expansion of the Substrate Range of Methylmalonyl Coenzyme A Synthetase (MatB) of Rhodopseudomonas palustris. 著者: Crosby, H.A. / Rank, K.C. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 815.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 694.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55131.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CGA009 / 遺伝子: matB, RPA0221 / プラスミド: pTEV5 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6ND88, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 84 mM MgSO4, 19.5 % (w/v) monomethyl polyethylene glycol 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979206 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 966844 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 4.052 / Net I/σ(I): 33.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.911 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.68 Å2 / Biso mean: 23.9594 Å2 / Biso min: 5.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.702→24.909 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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