PDB-4fum: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fum

タイトル

Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms

要素

Accumulation associated protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / hydrophilic protein / non-globular / freestanding beta sheet / intercellular adhesion / zinc dependent dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms.
著者: Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.

履歴

登録	2012年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fum.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fum.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fum_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fum_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	4fum_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4fum_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4funC 4fuoC 4fupC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fun-1 6ign-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.721, 33.637, 81.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Accumulation associated protein 分子量: 22572.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2017-2223 / 変異: L24M, L51M, L152M, L179M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / プラスミド: pH596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5HKE8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.9 詳細: 0.12 M Postassium Thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.9, 28% PEG MME 2000, 3% Ethanol, batch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH, INVERSE BEAM / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8282 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.111

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	Autosol	位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→44.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9206 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9048 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2553	382	4.61 %	RANDOM
R_work	0.1979	-	-	-
obs	0.2006	8278	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.59 Å² / B_iso mean: 64.3722 Å² / B_iso min: 27.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.4612 Å²	0 Å²	9.4281 Å²
2-	-	-7.5103 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.9715 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.381 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1480	0	4	63	1547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	676	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	38	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	215	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1516	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	219	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1531	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1516	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2068	2	1.2
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion			2.68
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion			2.93

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.68 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3015	96	4.2 %
R_work	0.2108	2190	-
all	0.2145	2286	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-7.7696	-2.0525	2.586	7.0904	8.4376	12.8314	0.0798	0.3416	0.1785	-0.1995	0.1584	0.1782	-0.0664	-0.4405	-0.2382	0.2498	-0.3303	-0.2876	0.4025	0.2472	0.0949	-2.5076	16.9672	-51.3337
2	1.634	4.5904	-1.4715	4.6655	0.3751	0.7732	-0.2924	0.3826	0.272	-0.9809	0.3341	0.0718	0.0682	0.0616	-0.0417	-0.1991	0.0558	-0.0837	-0.1503	0.0446	-0.3263	14.2867	15.0491	-31.3254
3	6.6364	8.6423	4.3891	6.2609	8.9616	15.9729	-0.335	-0.9244	0.2283	1.1849	0.2832	0.3701	-0.3055	0.6726	0.0519	-0.1959	0.0516	-0.013	-0.3102	0.0011	-0.3102	18.9964	14.5119	-13.9019
4	4.6993	-0.5557	2.4356	0.0319	-0.3154	1.8108	-0.3949	0.7759	0.1627	-0.3152	0.1057	-0.0568	-0.2975	0.1095	0.2892	0.0747	-0.2477	-0.2393	-0.3314	0.0302	-0.2815	1.9783	16.7895	-43.2347
5	-8.0384	-4.124	2.7072	12.5724	-4.6641	13.1699	-0.0568	0.3445	-0.3587	-0.4235	-0.317	-0.0641	0.069	0.1947	0.3738	0.4328	-0.2485	-0.3712	0.7053	-0.1835	0.355	-4.1265	18.8629	-63.7071
6	11.2854	1.801	2.1669	12.9692	-7.1838	-1.4835	-0.1064	-0.2904	0.178	-0.1664	0.0264	-0.0259	-0.2734	-0.1844	0.08	0.1529	-0.0905	-0.131	0.0135	-0.0095	-0.0296	1.5903	21.7335	-40.1337
7	-1.7306	-1.8113	-0.0212	2.9771	-1.6252	9.8194	-0.1478	0.0777	0.4325	0.1513	0.1606	-0.0433	-0.1398	1.1527	-0.0128	0.0426	-0.0664	-0.1243	-0.1348	-0.0168	-0.1711	17.3201	14.7846	-20.1974
8	3.7091	-3.0773	5.7369	0.989	-2.7417	5.5651	0.0924	0.0919	-0.2661	-0.1349	0.1557	0.3968	0.9873	0.1277	-0.2481	0.0306	-0.0577	-0.0322	-0.2338	0.0319	-0.1297	28.3692	16.3672	17.4337
9	1.2676	1.8617	6.4287	3.5902	0.8188	10.273	-0.1638	0.4721	-0.1089	0.083	0.1568	-0.1659	0.3323	-0.3751	0.007	-0.0647	0.0981	-0.115	0.0122	0.0243	-0.1557	25.5937	16.6678	-2.2465
10	-0.0987	0.5636	6.3262	0.3061	-0.8478	8.9285	-0.3751	0.4151	0.0996	-0.0634	0.2419	-0.1645	-0.2076	0.4029	0.1332	0.1561	0.0396	-0.1207	0.0692	-0.0073	0.0091	27.9612	19.5157	1.3204
11	1.2313	-0.3489	4.3463	0	-1.6376	24.3893	0.344	-0.0017	-0.125	-0.0315	0.1581	-0.0945	-0.0336	1.2134	-0.5021	0.077	0.0482	-0.004	-0.0265	-0.0013	-0.1709	37.5714	17.1433	47.9502
12	5.5423	0.7969	3.9986	11.4667	-10.5986	16.2289	-0.1716	0.3998	-0.1276	-0.623	-0.1503	0.0057	0.0546	0.9645	0.3219	0.0679	0.0531	-0.0928	-0.3142	-0.0739	-0.2017	39.5383	23.6382	88.7184
13	6.6473	-1.0852	2.008	10.3177	-5.4839	1.9066	-0.2531	-0.2436	0.0038	0.6556	0.012	-0.3981	0.3214	0.2696	0.2411	0.3615	0.2023	-0.0621	-0.0046	-0.0726	-0.1838	41.4166	16.1423	81.0735
14	-4.0966	-0.1363	-1.3164	0	1.5484	15.7049	0.0274	-0.2118	0.1599	0.0208	-0.1818	0.1037	-0.0911	0.2199	0.1543	0.2407	0.0325	-0.0247	0.1855	0.0237	-0.1465	36.7349	17.1935	51.8944
15	2.4648	0.9746	5.8829	1.0434	-5.1947	15.6278	0.2145	-0.1477	-0.2103	0.9104	0.3392	0.0117	-0.084	-0.1521	-0.5537	0.0483	0.0238	-0.0392	-0.2591	0.0311	-0.1818	35.5491	19.0519	31.5114
16	-0.2005	0.6398	0.4263	0	3.9141	18.3302	0.2217	0.5856	-0.1174	-0.1137	-0.0316	-0.1909	0.3269	-0.2571	-0.1901	0.289	0.0813	-0.0488	0.1813	-0.0233	-0.1119	37.0932	19.2161	70.8273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - 11}	A	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|12 - 18}	A	12 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|19 - 30}	A	19 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|31 - 49}	A	31 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|50 - 62}	A	50 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|63 - 68}	A	63 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|69 - 80}	A	69 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|81 - 99}	A	81 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|100 - 111}	A	100 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|112 - 125}	A	112 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|126 - 144}	A	126 - 144
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|145 - 156}	A	145 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|157 - 162}	A	157 - 162
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|163 - 175}	A	163 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|176 - 188}	A	176 - 188
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{A\|189 - 207}	A	189 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)