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万見
- PDB-4fru: Crystal structure of horse wild-type cyclophilin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fru
タイトルCrystal structure of horse wild-type cyclophilin B
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / cyclophilin-type PPIase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / chaperone / foldase / P3H1-CRTAP-CypB complex / LH1 binding / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / melanosome / endoplasmic reticulum lumen / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Boudko, S.P. / Ishikawa, Y. / Bachinger, H.P.
引用ジャーナル: BMC Res Notes / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of wild-type and mutated cyclophilin B that causes hyperelastosis cutis in the American quarter horse.
著者: Boudko, S.P. / Ishikawa, Y. / Lerch, T.F. / Nix, J. / Chapman, M.S. / Bachinger, H.P.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年3月13日Group: Refinement description
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8515
ポリマ－20,4661
非ポリマー3854
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.880, 44.070, 60.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-492-

HOH

21A-554-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / CYCLOPHILIN B


分子量: 20465.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: PPIB / プラスミド: pET30b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5YBL8, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M MES, 10mM ZnCl2, 10% glycerol, 28% PEG MME 550, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.827 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→16.42 Å / Num. all: 69023 / Num. obs: 62397 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 4.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 53.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CYN

1cyn


解像度: 1.1→16.416 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1391 3161 5.07 %
Rwork0.1155 --
obs0.1167 62351 90.22 %
all-69108 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→16.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 17 283 1729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3012041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.819588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11640.1861560.2131248X-RAY DIFFRACTION43
1.1164-1.13390.1995810.19191449X-RAY DIFFRACTION52
1.1339-1.15240.2159920.17641695X-RAY DIFFRACTION59
1.1524-1.17230.2102950.16581897X-RAY DIFFRACTION68
1.1723-1.19360.19251040.16092212X-RAY DIFFRACTION77
1.1936-1.21660.17331480.14552410X-RAY DIFFRACTION86
1.2166-1.24140.19121470.13462605X-RAY DIFFRACTION92
1.2414-1.26840.16741630.12232781X-RAY DIFFRACTION97
1.2684-1.29790.12931420.10722824X-RAY DIFFRACTION100
1.2979-1.33030.13531150.09962863X-RAY DIFFRACTION100
1.3303-1.36630.12941470.0972871X-RAY DIFFRACTION100
1.3663-1.40640.11821790.09132815X-RAY DIFFRACTION100
1.4064-1.45180.12871650.08812831X-RAY DIFFRACTION100
1.4518-1.50370.10991630.08842838X-RAY DIFFRACTION100
1.5037-1.56380.12851690.08562846X-RAY DIFFRACTION100
1.5638-1.63490.11391530.08742843X-RAY DIFFRACTION100
1.6349-1.72110.10721390.08982837X-RAY DIFFRACTION100
1.7211-1.82880.10721690.0922857X-RAY DIFFRACTION100
1.8288-1.96970.12411510.09642873X-RAY DIFFRACTION100
1.9697-2.16760.11521290.0982894X-RAY DIFFRACTION100
2.1676-2.48030.13011540.10852858X-RAY DIFFRACTION100
2.4803-3.12140.15451550.13012885X-RAY DIFFRACTION100
3.1214-16.41810.14831450.13912958X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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