PDB-4frg: Crystal structure of the cobalamin riboswitch aptamer domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4frg

タイトル

Crystal structure of the cobalamin riboswitch aptamer domain

要素

cobalamin riboswitch aptamer domain

キーワード

RNA / cobalamin / riboswitch / B12

機能・相同性

Hydroxocobalamin / IRIDIUM (III) ION / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Marine metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Reyes, F.E. / Johnson, J.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: B12 cofactors directly stabilize an mRNA regulatory switch.
著者: Johnson, J.E. / Reyes, F.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T.

履歴

登録	2012年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4frg.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	4frg_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
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関連構造データ

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類似構造データ	6q3m-4 5nui-d 1jia-d 6guu-2 4dge-2 4xrn-2 3jsy-1 5xoc-d 1y2g-d 3hct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: cobalamin riboswitch aptamer domain

X: cobalamin riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

60.6 kDa, 2 ポリマー
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1

B: cobalamin riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
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2

X: cobalamin riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.030, 142.030, 137.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: RNA鎖	cobalamin riboswitch aptamer domain 分子量: 27135.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was transcribed via in vitro T7 RNA polymerase / 由来: (合成) Marine metagenome (メタゲノム)
#2: 化合物	ChemComp-I2A / Hydroxocobalamin 分子量: 1345.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₈CoN₁₃O₁₅P
#3: 化合物	ChemComp-IR3 / IRIDIUM (III) ION 分子量: 192.217 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
配列の詳細	THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN ...THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN SEQUENCING. THERE ARE SIX SUBSTITUTIONS TO THE ORIGINAL SEQUENCE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION: UACUUG TO CGAAAG(THIS REGION OCCURS RESIDUE NUMBER 46 TO 51 IN THE PDB)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.7	66.5
2	3.7	66.5

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	ハンギングドロップ法	7	100 mM magnesium acetate, 10% 2-methyl-1,3-propanediol, 5 mM iridium hexammine, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K
298	2	ハンギングドロップ法	7	100 mM magnesium acetate, 10% 2-methyl-1,3-propanediol, 5 mM iridium hexammine, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	5.0.2	1	1.1051, 1.6
	ALS	5.0.2	2

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月12日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1051	1
2	1.6	1

Reflection

冗長度: 13.5 % / Av σ(I) over netI: 6.8 / 数: 192234 / R_sym value: 0.082 / D res high: 3.16 Å / D res low: 137.897 Å / Num. obs: 14220 / % possible obs: 97.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
9.99	137.9	97.1	1	0.037	0.037	10.7
7.07	9.99	100	1	0.042	0.042	12.1
5.77	7.07	100	1	0.048	0.048	12.6
5	5.77	100	1	0.054	0.054	13.2
4.47	5	100	1	0.077	0.077	13.7
4.08	4.47	100	1	0.099	0.099	13.9
3.78	4.08	88.7	1	0.144	0.144	13.7
3.53	3.78	89.7	1	0.239	0.239	13.8
3.33	3.53	100	1	0.301	0.301	14.1
3.16	3.33	100	1	0.485	0.485	14.2

反射

解像度: 2.95→137.899 Å / Num. all: 17854 / Num. obs: 17854 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 20.6

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.014 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.95-3.11	14.2	0.5	36032	2536	1.406	100
3.11-3.3	14.2	1.3	34413	2425	0.573	100
3.3-3.53	14.1	2.4	32191	2277	0.313	100
3.53-3.81	14.1	3.2	29927	2125	0.231	100
3.81-4.17	14	5.5	27512	1966	0.134	100
4.17-4.66	13.8	8.3	24734	1789	0.09	100
4.66-5.39	13.5	11.1	21624	1605	0.064	100
5.39-6.6	12.8	12.8	17818	1388	0.051	100
6.6-9.33	12.2	13.4	13339	1092	0.043	100
9.33-137.899	10.9	14.3	7109	651	0.038	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.16 Å / D res low: 43.06 Å / FOM acentric: 0.358 / FOM centric: 0.227 / Reflection acentric: 11936 / Reflection centric: 2423

Phasing MAD set

最高解像度: 3.16 Å / 最低解像度: 43.06 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	0	0	7881	1848
ISO_2	0.78	0.831	0.865	0.755	7881	1841
ANO_1	0.789	0	0.837	0	7881	0
ANO_2	0.8	0	1.128	0	11936	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	13.46-43.06	0	0	0	0	68	87
ISO_1	9.76-13.46	0	0	0	0	188	115
ISO_1	8.04-9.76	0	0	0	0	283	125
ISO_1	6.99-8.04	0	0	0	0	353	127
ISO_1	6.27-6.99	0	0	0	0	408	113
ISO_1	5.73-6.27	0	0	0	0	457	122
ISO_1	5.32-5.73	0	0	0	0	505	113
ISO_1	4.98-5.32	0	0	0	0	549	125
ISO_1	4.7-4.98	0	0	0	0	577	126
ISO_1	4.46-4.7	0	0	0	0	626	116
ISO_1	4.25-4.46	0	0	0	0	657	130
ISO_1	4.07-4.25	0	0	0	0	695	129
ISO_1	3.91-4.07	0	0	0	0	709	126
ISO_1	3.77-3.91	0	0	0	0	762	122
ISO_1	3.65-3.77	0	0	0	0	779	126
ISO_1	3.53-3.65	0	0	0	0	265	46
ISO_1	3.43-3.53	0	0	0	0	0	0
ISO_1	3.33-3.43	0	0	0	0	0	0
ISO_1	3.24-3.33	0	0	0	0	0	0
ISO_1	3.16-3.24	0	0	0	0	0	0
ANO_1	13.46-43.06	0.576	0	1.374	0	68	0
ANO_1	9.76-13.46	0.592	0	1.219	0	188	0
ANO_1	8.04-9.76	0.608	0	1.392	0	283	0
ANO_1	6.99-8.04	0.624	0	1.355	0	353	0
ANO_1	6.27-6.99	0.615	0	1.409	0	408	0
ANO_1	5.73-6.27	0.692	0	1.13	0	457	0
ANO_1	5.32-5.73	0.723	0	1.064	0	505	0
ANO_1	4.98-5.32	0.771	0	0.933	0	549	0
ANO_1	4.7-4.98	0.822	0	0.807	0	577	0
ANO_1	4.46-4.7	0.884	0	0.615	0	626	0
ANO_1	4.25-4.46	0.921	0	0.512	0	657	0
ANO_1	4.07-4.25	0.949	0	0.45	0	695	0
ANO_1	3.91-4.07	0.96	0	0.393	0	709	0
ANO_1	3.77-3.91	0.975	0	0.326	0	762	0
ANO_1	3.65-3.77	0.98	0	0.269	0	779	0
ANO_1	3.53-3.65	0.991	0	0.234	0	265	0
ANO_1	3.43-3.53	0	0	0	0	0	0
ANO_1	3.33-3.43	0	0	0	0	0	0
ANO_1	3.24-3.33	0	0	0	0	0	0
ANO_1	3.16-3.24	0	0	0	0	0	0
ISO_2	13.46-43.06	0.754	0.85	1.305	1.015	68	86
ISO_2	9.76-13.46	0.858	0.832	1.247	1.087	188	114
ISO_2	8.04-9.76	0.885	0.976	1.291	0.895	283	125
ISO_2	6.99-8.04	0.866	1.022	1.076	0.811	353	125
ISO_2	6.27-6.99	0.848	0.903	1.069	0.684	408	113
ISO_2	5.73-6.27	0.873	0.901	0.842	0.652	457	122
ISO_2	5.32-5.73	0.875	0.866	0.74	0.575	505	113
ISO_2	4.98-5.32	0.864	0.9	0.719	0.444	549	122
ISO_2	4.7-4.98	0.879	0.881	0.652	0.51	577	126
ISO_2	4.46-4.7	0.831	0.818	0.571	0.43	626	116
ISO_2	4.25-4.46	0.831	0.854	0.509	0.392	657	130
ISO_2	4.07-4.25	0.832	0.855	0.506	0.353	695	129
ISO_2	3.91-4.07	0.789	0.754	0.446	0.374	709	126
ISO_2	3.77-3.91	0.809	0.814	0.427	0.277	762	122
ISO_2	3.65-3.77	0.739	0.768	0.377	0.261	779	126
ISO_2	3.53-3.65	0.71	0.846	0.347	0.255	265	46
ISO_2	3.43-3.53	0	0	0	0	0	0
ISO_2	3.33-3.43	0	0	0	0	0	0
ISO_2	3.24-3.33	0	0	0	0	0	0
ISO_2	3.16-3.24	0	0	0	0	0	0
ANO_2	13.46-43.06	0.456	0	2.73	0	68	0
ANO_2	9.76-13.46	0.464	0	2.714	0	188	0
ANO_2	8.04-9.76	0.491	0	2.857	0	283	0
ANO_2	6.99-8.04	0.482	0	2.79	0	353	0
ANO_2	6.27-6.99	0.498	0	2.668	0	408	0
ANO_2	5.73-6.27	0.554	0	2.129	0	457	0
ANO_2	5.32-5.73	0.595	0	1.965	0	505	0
ANO_2	4.98-5.32	0.667	0	1.643	0	549	0
ANO_2	4.7-4.98	0.727	0	1.37	0	577	0
ANO_2	4.46-4.7	0.764	0	1.164	0	626	0
ANO_2	4.25-4.46	0.829	0	0.98	0	657	0
ANO_2	4.07-4.25	0.869	0	0.898	0	695	0
ANO_2	3.91-4.07	0.902	0	0.841	0	709	0
ANO_2	3.77-3.91	0.934	0	0.653	0	762	0
ANO_2	3.65-3.77	0.941	0	0.508	0	779	0
ANO_2	3.53-3.65	0.966	0	0.468	0	804	0
ANO_2	3.43-3.53	0.978	0	0.389	0	846	0
ANO_2	3.33-3.43	0.983	0	0.322	0	867	0
ANO_2	3.24-3.33	0.99	0	0.309	0	884	0
ANO_2	3.16-3.24	0.993	0	0.265	0	919	0

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
13.46-43.06	0.767	0.513	68	87
9.76-13.46	0.756	0.466	188	115
8.04-9.76	0.759	0.376	283	125
6.99-8.04	0.707	0.337	353	128
6.27-6.99	0.714	0.357	408	113
5.73-6.27	0.669	0.333	457	122
5.32-5.73	0.609	0.323	505	113
4.98-5.32	0.572	0.268	549	126
4.7-4.98	0.523	0.239	577	126
4.46-4.7	0.49	0.256	626	116
4.25-4.46	0.427	0.219	657	130
4.07-4.25	0.376	0.168	695	129
3.91-4.07	0.332	0.19	709	126
3.77-3.91	0.288	0.149	762	122
3.65-3.77	0.263	0.152	779	126
3.53-3.65	0.195	0.092	804	125
3.43-3.53	0.162	0.077	846	121
3.33-3.43	0.131	0.054	867	128
3.24-3.33	0.114	0.053	884	117
3.16-3.24	0.087	0.035	919	128

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集
XDS		データ削減
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.95→43.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9009 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.85 / SU R Cruickshank DPI: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2491	910	5.11 %	RANDOM
R_work	0.2393	-	-	-
all	0.2397	18377	-	-
obs	0.2397	17822	99.92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 300 Å² / B_iso mean: 103.2693 Å² / B_iso min: 56.07 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.784 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→43.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3600	217	0	3817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	978	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	190	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4238	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	672	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle	2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion	1680	SINUSOIDAL	1
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3845	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4238	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	6636	HARMONIC	2	0.64
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.89

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.13 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	153	5.44 %
R_work	0.2527	2662	-
all	0.2549	2815	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0319	1.9	-0.5923	3.6924	-1.3251	3.1161	-0.1339	0.0976	-0.3779	-0.1489	0.0783	-0.3643	-0.0525	0.1901	0.0556	-0.1175	-0.1679	-0.184	-0.0472	-0.0008	0.0518	18.2198	-55.2862	23.2251
2	1.3269	-0.0927	1.2008	2.6	-1.1837	5.7037	0.0469	-0.0643	-0.045	0.096	0.0471	0.1781	0.2062	-0.5372	-0.0941	0.0086	0.1418	0.1147	-0.0049	-0.1676	-0.177	37.3555	-23.8169	-14.9109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	1 - 84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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