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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fra | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ABBA+UDP+Gal at pH 5.0 with MPD as the cryoprotectant | ||||||
![]() | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MANGANESE / ABO ROSSMANN FOLD / GLYCOPROTEIN / RETAINING GLYCOSYLTRANSFERASE / BLOOD GROUP ANTIGEN / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johal, A.R. / Alfaro, J.A. / Blackler, R.J. / Schuman, B. / Borisova, S.N. / Evans, S.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: pH-induced conformational changes in human ABO(H) blood group glycosyltransferases confirm the importance of electrostatic interactions in the formation of the semi-closed state. 著者: Johal, A.R. / Blackler, R.J. / Alfaro, J.A. / Schuman, B. / Borisova, S. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 791.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 802.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4fqwC ![]() 4frbC ![]() 4frdC ![]() 4freC ![]() 4frhC ![]() 4frlC ![]() 4frmC ![]() 4froC ![]() 4frpC ![]() 4frqC ![]() 4gbpC ![]() 4kxoC ![]() 1lz7S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34371.672 Da / 分子数: 1 / 変異: G176R, A268G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: H6A2X0, UniProt: P16442*PLUS, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#3: 糖 | ChemComp-GAL / |
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1% PEG 4000, 5% MPD, 5 mM manganese chloride, 100 mM ammonium sulfate, 70 mM sodium chloride,50 mM ADA, 30 mM sodium acetate with 20% MPD as cryoprotectant, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月26日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.43→20 Å / Num. obs: 55128 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.27 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 23.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 29.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LZ7 解像度: 1.43→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.923 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.995 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→20 Å
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拘束条件 |
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