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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fpp | ||||||
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タイトル | Bacterial phosphotransferase | ||||||
要素 | phosphotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / four helix bundle / Bergerat fold / similar to type I Histidine kinase / phosphotransferase / CckA / CtrA / CpdR / bacterial cytoplasme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Caulobacter crescentus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fioravanti, A. / Clantin, B. / Dewitte, F. / Lens, Z. / Verger, A. / Biondi, E. / Villeret, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012 タイトル: Structural insights into ChpT, an essential dimeric histidine phosphotransferase regulating the cell cycle in Caulobacter crescentus. 著者: Fioravanti, A. / Clantin, B. / Dewitte, F. / Lens, Z. / Verger, A. / Biondi, E.G. / Villeret, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fpp.cif.gz | 126.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fpp.ent.gz | 99.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fpp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fpp_validation.pdf.gz | 466.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fpp_full_validation.pdf.gz | 480.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fpp_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fpp_validation.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fpp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | there are three subunits in the asymmetric unit. Two subunits (B and C) form a homodimer, while the third one (A) exploits a two-fold summetry axis of the lattice to generate a similar homodimer but with exact two-fold symmetry. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25802.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_3470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A2T6 #2: 化合物 | ChemComp-NI / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% PEG 4000, 0.16M magnesium chloride, 0.08M Tris-HCl pH8.5, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→49 Å / Num. all: 52229 / Num. obs: 52206 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique all: 6430 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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