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万見
- PDB-4fo9: Crystal structure of the E3 SUMO Ligase PIAS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fo9
タイトルCrystal structure of the E3 SUMO Ligase PIAS2
要素E3 SUMO-protein ligase PIAS2
キーワードLIGASE / SUMO / E3 Ligase / PINIT domain / SP-RING domain / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO ligase activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / transcription coregulator activity ...SUMO ligase activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / transcription coregulator activity / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PML body / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear speck / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PINIT domain / PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. ...PINIT domain / PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase PIAS2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Dong, A. / Hu, J. / Dobrovetsky, E. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the E3 SUMO Ligase PIAS2
著者: Hu, J. / Dong, A. / Dobrovetsky, E. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 SUMO-protein ligase PIAS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,69522
ポリマ－40,6301
非ポリマー6521
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.288, 170.140, 57.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

UNX

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要素

#1: タンパク質 E3 SUMO-protein ligase PIAS2 / Androgen receptor-interacting protein 3 / ARIP3 / DAB2-interacting protein / DIP / Msx-interacting ...Androgen receptor-interacting protein 3 / ARIP3 / DAB2-interacting protein / DIP / Msx-interacting zinc finger protein / Miz1 / PIAS-NY protein / Protein inhibitor of activated STAT x / Protein inhibitor of activated STAT2


分子量: 40629.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 147-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIAS2, PIASX / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R
参照: UniProt: O75928, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 20 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.7 M KH2PO4/NaH2PO4, pH6.5, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28295 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月8日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28295 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 17845 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.015 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.447.60.8738750.9981100
2.44-2.497.80.7748701.0021100
2.49-2.537.90.6668771.025199.8
2.53-2.5980.6358831.0091100
2.59-2.6480.4768701.074199.9
2.64-2.780.458811.2011100
2.7-2.7780.3478781.0551100
2.77-2.8580.2638861.1361100
2.85-2.9380.2358851.1941100
2.93-3.0280.1848971.3131100
3.02-3.138.10.1428861.3971100
3.13-3.2680.1148801.5791100
3.26-3.4180.1089051.9481100
3.41-3.587.80.0878892.546199.9
3.58-3.817.80.0798892.9651100
3.81-4.17.60.0688963.181100
4.1-4.527.40.0629083.816199.9
4.52-5.177.40.0559133.7891100
5.17-6.517.10.0569314.1391100
6.51-506.40.0439464.769196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
REFMACrefmac_5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.39→32.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 13.663 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 739 4.1 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2103 17834 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.72 Å2 / Biso mean: 59.2593 Å2 / Biso min: 26.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→32.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 21 43 2005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9842747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7183.0014337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1195267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88923.01473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.06115317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.392-2.4540.262580.3111169127696.16
2.454-2.5220.295490.2621225127599.922
2.522-2.5950.369380.26512031241100
2.595-2.6740.285580.2441160121999.918
2.674-2.7620.268510.2291093114599.913
2.762-2.8590.368390.20510911130100
2.859-2.9670.278450.21810431088100
2.967-3.0880.217480.19710111059100
3.088-3.2250.265460.2079781024100
3.225-3.3820.239320.229932964100
3.382-3.5640.313300.20890093199.893
3.564-3.780.259440.207833877100
3.78-4.0410.193290.181790819100
4.041-4.3640.192370.16873677499.871
4.364-4.7790.134300.14669072199.861
4.779-5.3410.226190.17645664100
5.341-6.1630.451290.206541570100
6.163-7.5380.383180.256490508100
7.538-10.6190.223200.21436539497.716
10.619-85.070.282190.3220024689.024
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7281-0.1562-2.76172.17411.07733.82740.0986-0.45610.34030.08030.0378-0.0751-0.106-0.0528-0.13640.0936-0.0177-0.0030.16850.01450.036732.517542.106-0.7992
29.65454.73782.13559.55671.24674.03740.05310.14050.3043-0.0295-0.1495-0.762-0.6037-0.0040.09640.35070.0212-0.02520.12450.01920.263760.273862.9885-5.4801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A145 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2A299 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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