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- PDB-4fns: Crystal structure of GH36 alpha-galactosidase AgaA A355E from Geo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fns
タイトルCrystal structure of GH36 alpha-galactosidase AgaA A355E from Geobacillus stearothermophilus in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
要素Alpha-galactosidase AgaA
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


stachyose metabolic process / raffinose catabolic process / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site ...alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Distorted Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGJ / Alpha-galactosidase AgaA
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Merceron, R. / Foucault, M. / Haser, R. / Mattes, R. / Watzlawick, H. / Gouet, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The molecular mechanism of the thermostable alpha-galactosidases AgaA and AgaB explained by X-ray crystallography and mutational studies
著者: Merceron, R. / Foucault, M. / Haser, R. / Mattes, R. / Watzlawick, H. / Gouet, P.
履歴
登録2012年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosidase AgaA
B: Alpha-galactosidase AgaA
C: Alpha-galactosidase AgaA
D: Alpha-galactosidase AgaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,68317
ポリマ－333,1994
非ポリマー1,48313
水17,655980
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23700 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area82710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.300, 150.300, 233.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Alpha-galactosidase AgaA


分子量: 83299.859 Da / 分子数: 4 / 変異: A355E, F518L, M704V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: agaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALJ4, alpha-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-DGJ / (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol / 1-deoxygalactonojirimycin / デオキシガラクトノジリマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: 薬剤, Galafold*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Potassium nitrate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.18 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 94216 / Num. obs: 91886 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3MI6

3mi6


解像度: 2.6→49.197 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 4596 5 %
Rwork0.1738 --
obs0.1767 91886 97.61 %
all-91886 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8759 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.8759 Å2-0 Å2
3----1.7517 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23148 0 88 980 24216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60932290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9118765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62950.26581510.20652880X-RAY DIFFRACTION98
2.6295-2.66050.29631490.21732829X-RAY DIFFRACTION97
2.6605-2.69290.28421500.21812854X-RAY DIFFRACTION96
2.6929-2.7270.32841520.21982883X-RAY DIFFRACTION98
2.727-2.76290.32061510.21752868X-RAY DIFFRACTION98
2.7629-2.80070.26871530.20392916X-RAY DIFFRACTION98
2.8007-2.84070.32821540.2092911X-RAY DIFFRACTION98
2.8407-2.88310.2871510.20322876X-RAY DIFFRACTION98
2.8831-2.92820.2491510.22876X-RAY DIFFRACTION98
2.9282-2.97620.29811540.2012910X-RAY DIFFRACTION98
2.9762-3.02750.27291510.20172886X-RAY DIFFRACTION98
3.0275-3.08250.28891540.19432908X-RAY DIFFRACTION98
3.0825-3.14180.25141520.18882897X-RAY DIFFRACTION98
3.1418-3.20590.26591550.18932947X-RAY DIFFRACTION98
3.2059-3.27560.27361520.1942887X-RAY DIFFRACTION98
3.2756-3.35180.24711530.17942902X-RAY DIFFRACTION98
3.3518-3.43560.2311510.16932876X-RAY DIFFRACTION97
3.4356-3.52850.18571540.16982915X-RAY DIFFRACTION98
3.5285-3.63230.24931520.16052890X-RAY DIFFRACTION98
3.6323-3.74950.21481530.15942910X-RAY DIFFRACTION97
3.7495-3.88340.19521510.15862873X-RAY DIFFRACTION97
3.8834-4.03880.22341520.15592889X-RAY DIFFRACTION97
4.0388-4.22260.20711540.14462917X-RAY DIFFRACTION98
4.2226-4.44510.17771540.14042940X-RAY DIFFRACTION98
4.4451-4.72330.18071560.13982948X-RAY DIFFRACTION98
4.7233-5.08770.1781540.14552939X-RAY DIFFRACTION98
5.0877-5.5990.19481560.1592951X-RAY DIFFRACTION98
5.599-6.40770.22921540.17282938X-RAY DIFFRACTION97
6.4077-8.06730.20981560.16772957X-RAY DIFFRACTION96
8.0673-49.2060.18931660.17833144X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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