PDB-4fnp: Crystal structure of GH36 alpha-galactosidase AgaA A355E from Geo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fnp

タイトル

Crystal structure of GH36 alpha-galactosidase AgaA A355E from Geobacillus stearothermophilus

要素

Alpha-galactosidase AgaA

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

stachyose metabolic process / raffinose catabolic process / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Merceron, R. / Foucault, M. / Haser, R. / Mattes, R. / Watzlawick, H. / Gouet, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The molecular mechanism of the thermostable alpha-galactosidases AgaA and AgaB explained by X-ray crystallography and mutational studies
著者: Merceron, R. / Foucault, M. / Haser, R. / Mattes, R. / Watzlawick, H. / Gouet, P.

履歴

登録	2012年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fnp.cif.gz	555.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fnp.ent.gz	460.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fnp_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fnp_full_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示
XML形式データ	4fnp_validation.xml.gz	91.8 KB	表示
CIF形式データ	4fnp_validation.cif.gz	123.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fnqC 4fnrC 4fnsC 4fntC 4fnuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fns-d 4fnt-d 2xn1-d 6phx-1 4fnq-1 6phw-1 6pi0-1 4fnr-d 6phv-1 4fnu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosidase AgaA

B: Alpha-galactosidase AgaA

C: Alpha-galactosidase AgaA

D: Alpha-galactosidase AgaA

ヘテロ分子

334 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.500, 150.500, 234.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Alpha-galactosidase AgaA 分子量: 83299.859 Da / 分子数: 4 / 変異: A355E, F518L, M704V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: agaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALJ4, alpha-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium iodide, 10% ethylene glycol, 5% polyvinyl pyrrolidone K15, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日
放射	モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 76055 / Num. obs: 75205 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.1 Å² / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 11.28
反射シェル	解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.803→19.833 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	3761	5 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.197	75201	99.58 %
all	-	75201	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.7807 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.7807 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.5577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→19.833 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23148	0	60	71	23279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	23780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	32252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.357	8760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	3376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	4220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8034-2.8388	0.3196	125	0.2624	2374	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8388-2.876	0.319	137	0.2489	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-2.9153	0.3203	139	0.2405	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9153-2.9568	0.3195	139	0.2345	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9568-3.0008	0.2602	139	0.2349	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0008-3.0475	0.2912	137	0.2351	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0475-3.0973	0.322	139	0.2316	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0973-3.1505	0.2936	138	0.2316	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1505-3.2076	0.3086	139	0.2283	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2076-3.269	0.2953	140	0.2234	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.269-3.3354	0.2805	136	0.2145	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3354-3.4076	0.2835	139	0.21	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4076-3.4865	0.2533	139	0.2077	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4865-3.5732	0.249	142	0.1988	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5732-3.6692	0.2621	137	0.1948	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6692-3.7764	0.2325	138	0.1857	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7764-3.8974	0.2359	139	0.1761	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8974-4.0356	0.2243	139	0.1775	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0356-4.1957	0.2149	140	0.1604	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1957-4.3847	0.2233	140	0.1539	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3847-4.6132	0.2007	140	0.1504	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6132-4.8981	0.1849	141	0.1515	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8981-5.2697	0.2068	141	0.1705	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2697-5.788	0.2265	142	0.1781	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
5.788-6.5984	0.2429	142	0.1932	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5984-8.2139	0.1951	145	0.1833	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2139-19.8331	0.1676	149	0.1729	2826	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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