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- PDB-4fn9: X-ray Crystal structure of the Ancestral 3-keto steroid receptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fn9
タイトルX-ray Crystal structure of the Ancestral 3-keto steroid receptor - Progesterone complex
要素Steroid receptor 2
キーワードSteroid-Binding Protein / hormone / ancestral / Steroid Receptor / Nuclear Receptor / Progesterone Receptor / Cytosolic / nuclear
機能・相同性Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PROGESTERONE
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Colucci, J.K. / Ortlund, E.A. / Thornton, J.W.
引用ジャーナル: PLoS Genet. / 年: 2012
タイトル: Evolution of minimal specificity and promiscuity in steroid hormone receptors.
著者: Eick, G.N. / Colucci, J.K. / Harms, M.J. / Ortlund, E.A. / Thornton, J.W.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid receptor 2
B: Steroid receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,92911
ポリマ－58,4002
非ポリマー2,5299
水23413
1
A: Steroid receptor 2
ヘテロ分子

B: Steroid receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,92911
ポリマ－58,4002
非ポリマー2,5299
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area4970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23940 Å2
2
A: Steroid receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6057
ポリマ－29,2001
非ポリマー1,4056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Steroid receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3244
ポリマ－29,2001
非ポリマー1,1253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.472, 112.108, 132.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Steroid receptor 2


分子量: 29199.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / プラスミド: LIC-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 6種, 22分子

#2: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0M MgSO4, 10% glycerol, and 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→49.63 Å / Num. all: 20584 / Num. obs: 21895 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 99.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.75-2.855.20.443196.1
2.85-2.965.80.352198.2
2.96-3.16.50.294199.5
3.1-3.2670.231100
3.26-3.467.30.1591100
3.46-3.737.30.1151100
3.73-4.117.30.0051100
4.11-4.77.30.0731100
4.7-5.927.20.0671100
5.92-506.80.071199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a28

1a28


解像度: 3→49.604 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 857 5.18 %
Rwork0.2029 --
obs0.2058 16557 99.56 %
all-20584 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.971 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.412 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5976 Å20 Å2
3----7.0096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4027 0 135 13 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2815778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0811587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.18810.35561490.27432558X-RAY DIFFRACTION100
3.1881-3.43420.27691470.23652567X-RAY DIFFRACTION100
3.4342-3.77970.24931450.19632610X-RAY DIFFRACTION100
3.7797-4.32630.24111290.17612598X-RAY DIFFRACTION100
4.3263-5.44960.25651550.17582633X-RAY DIFFRACTION100
5.4496-49.61120.24331320.21642734X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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