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- PDB-4fn6: Structural Characterization of Thiaminase type II TenA from Staph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fn6
タイトルStructural Characterization of Thiaminase type II TenA from Staphylococcus aureus
要素thiaminase-2
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-helix / thiaminase / Vitamin B1 / bi-functional enzyme / cleavage of thiamine into HMP and THZ / deamination of amino-pyrimidine to HMP in S.aureus / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Thiaminase II / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Aminopyrimidine aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Begum, A. / Drebes, J. / Perbandt, M. / Wrenger, C. / Betzel, C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural Characterization of Thiaminase type II TenA from Staphylococcus aureus
著者: Begum, A. / Drebes, J. / Perbandt, M. / Wrenger, C. / Betzel, C.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiaminase-2
B: thiaminase-2
C: thiaminase-2
D: thiaminase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,68717
ポリマ－107,7874
非ポリマー90013
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.276, 104.061, 109.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
thiaminase-2 / Thiaminase II


分子量: 26946.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: tenA, SAR2183 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: Q6GEY1, aminopyrimidine aminohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 28%(w/v) PEG 3500, 0.2 M sodium acetate and 0.1 M Tris HCl buffer pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→30 Å / Num. obs: 31741 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NO6

3no6


解像度: 2.69→29.872 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 2002 6.32 %Random
Rwork0.2131 ---
obs0.2159 31701 94.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.771 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8901 Å2-0 Å20 Å2
2---7.2455 Å2-0 Å2
3---0.3554 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→29.872 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7428 0 60 81 7569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22310342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5462871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6898-2.7570.41081360.33082046X-RAY DIFFRACTION94
2.757-2.83150.36841520.30152132X-RAY DIFFRACTION97
2.8315-2.91480.33321350.29432134X-RAY DIFFRACTION97
2.9148-3.00880.33691470.30642125X-RAY DIFFRACTION97
3.0088-3.11620.32531310.26962130X-RAY DIFFRACTION96
3.1162-3.24080.25881370.24412141X-RAY DIFFRACTION96
3.2408-3.38810.24051510.23292119X-RAY DIFFRACTION96
3.3881-3.56650.26471410.2222130X-RAY DIFFRACTION95
3.5665-3.78950.30911420.2112121X-RAY DIFFRACTION96
3.7895-4.08150.25171560.19822112X-RAY DIFFRACTION95
4.0815-4.4910.22521320.1722120X-RAY DIFFRACTION94
4.491-5.1380.19341420.16322116X-RAY DIFFRACTION94
5.138-6.46250.22851540.21242112X-RAY DIFFRACTION93
6.4625-29.87360.23641460.18172161X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.2018 Å / Origin y: 18.8541 Å / Origin z: -25.8506 Å
111213212223313233
T0.206 Å2-0.0201 Å2-0.0012 Å2-0.1733 Å2-0.0207 Å2--0.2292 Å2
L0.4203 °2-0.124 °2-0.2844 °2-0.3501 °20.0988 °2--0.4262 °2
S0.0037 Å °-0.0051 Å °0.0004 Å °0.0134 Å °-0.0595 Å °0.1476 Å °0.0393 Å °0.0059 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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