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- PDB-4fmw: Crystal structure of methyltransferase domain of human RNA (guani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fmw
タイトルCrystal structure of methyltransferase domain of human RNA (guanine-9-) methyltransferase domain containing protein 2
要素RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / RNA modification / RNA methylation / RNA methyltransferase / guanine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mitochondrial tRNA processing / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / actin cytoskeleton / tRNA binding / nucleolus ...: / mitochondrial tRNA processing / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA N1-guanine methylation / tRNA methylation / actin cytoskeleton / tRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta knot - #30 / tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase TRM10/TRM10A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic / tRNA methyltransferase TRM10-type domain / tRNA methyltransferase TRM10-type domain superfamily / SAM-dependent methyltransferase TRM10-type domain profile. / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / Alpha/beta knot / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA methyltransferase 10 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of methyltransferase domain of human RNA (guanine-9-) methyltransferase domain containing protein 2
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Tempel, W. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Wu, H.
履歴
登録2012年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2
B: RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,48828
ポリマ－46,4942
非ポリマー99426
水2,468137
1
A: RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,69413
ポリマ－23,2471
非ポリマー44612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,79515
ポリマ－23,2471
非ポリマー54814
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.097, 43.309, 60.347
Angle α, β, γ (deg.)100.43, 90.03, 92.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA (guanine-9-)-methyltransferase domain-containing protein 2


分子量: 23247.141 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RG9MTD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)V2RpRARE
参照: UniProt: Q8TBZ6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 163分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 20 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.22 M NH4SO4, 0.1 M Tris-HCl, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 24649 / Num. obs: 24649 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 25.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique all: 1199 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CLSMXDCデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9262 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9036 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 804 3.26 %RANDOM
Rwork0.2184 ---
all0.2193 24649 --
obs0.2193 24649 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.469 Å22.0768 Å2-0.0627 Å2
2---2.1412 Å2-0.0833 Å2
3----0.3278 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 85 137 3025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092967HARMONIC1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1032SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes454HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2967HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3468SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 85 3.33 %
Rwork0.226 2470 -
all0.2268 2555 -
obs--95.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2848-0.35340.25031.2831-0.56650.84510.00710.03730.04420.024-0.00430.0290.0457-0.0084-0.0028-0.0697-0.0328-0.00090.0460.0293-0.08510.638218.871146.02
21.2174-0.1719-0.12690.72290.46971.20730.0129-0.0062-0.06440.03520.0141-0.0196-0.07490.0208-0.027-0.0754-0.0235-0.01670.06520.0364-0.086823.459112.2114.0893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|94 - A|275 A|301 - A|301 }A94 - 275
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|94 - A|275 A|301 - A|301 }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|95 - B|274 B|301 - B|301 }B95 - 274
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|95 - B|274 B|301 - B|301 }B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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